Intégration de la caractérisation moléculaire des micro-organismes dans un programme global de surveillance de la résistance aux antimicrobiens

Intégration de la caractérisation moléculaire des micro-organismes dans un programme global de surveillance de la résistance aux antimicrobiens

Le programme de surveillance antimicrobienne SENTRY incorpore le typage des souches moléculaires et le génotypage par résistance pour fournir des informations supplémentaires utiles pour comprendre les microorganismes pathogènes dans le monde entier. Les phénotypes d’intérêt incluent les pathogènes multirésistants, les Enterobacteriaceae produisant des β-lactamases à spectre étendu, Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline SARM, entérocoques résistants à la vancomycine et souches FQR résistantes aux fluoroquinolones des bacilles gram-négatifs et Streptococcus pneumoniae Des groupes d’isolats dans un profil de résistance donné liés temporellement et par localisation hospitalière sont marqués pour l’empreinte génétique. des organismes par rapport au génotype de résistance est accompli avec l’utilisation de la réaction en chaîne par polymérase et le séquençage de l’ADN Ce processus a été très efficace pour identifier la propagation clonale dans les groupes de pathogènes multirésistants Entre% et% des groupes de SARM identifie Parmi les Enterobacteriaceae, les souches productrices de BLSE d’Escherichia coli et de Klebsiella pneumoniae sont les agents pathogènes les plus courants causant des grappes d’infection, et ~% des grappes reconnues présentent des grappes clonales de Pseudomonas aeruginosa, espèces d’Acinetobacter, et Stenotrophomonas maltophilia ont été observés chez des patients atteints d’infections des voies urinaires, respiratoires et sanguines. La caractérisation des mutations dans la région déterminante FQR des isolats phénotypiquement sensibles de E coli et S pneumoniae a identifié des mutants de premier stade parmi un nombre de% des isolats La capacité à caractériser phénotypiquement et génotypiquement les organismes est extrêmement puissante et fournit des informations uniques qui sont importantes dans un programme mondial de surveillance antimicrobienne

La résistance aux antimicrobiens est un problème d’ampleur mondiale Avec l’intérêt et la préoccupation croissants concernant la résistance aux antimicrobiens, plusieurs grands programmes ont été organisés pour surveiller la résistance aux antimicrobiens sur le plan national et international. Exemples de surveillance plus importante Les programmes comprennent le Système national de surveillance des infections nosocomiales, le Projet ICARE Épidémiologie de la résistance aux antimicrobiens, le Programme de surveillance antimicrobienne SENTRY, le Projet de surveillance et de contrôle des agents pathogènes d’importance épidémiologique, le Projet Alexander et le Réseau de surveillance. l’utilisation de méthodes conventionnelles de test de sensibilité aux antimicrobiens à base de bouillon et d’agar afin de fournir un profil phénotypique de la réponse des agents pathogènes microbiens à un éventail d’agents antimicrobiens. Les données disponibles de chacun de ces programmes s’appuient sur celles des autres. corps d’information qui souligne la nature globale du problème de résistance Cette information est utile pour alerter le public, ainsi que la communauté médicale et scientifique, sur le problème de la résistance aux antimicrobiens et pour concevoir des schémas thérapeutiques empiriques et formuler des stratégies préventives possibles Bien qu’ils soient utiles comme écran pour détecter certains profils de résistance et pour sélectionner des agents thérapeutiques potentiellement utiles, les méthodes classiques de sensibilité aux antimicrobiens ne permettent pas de détecter la propagation de souches individuelles dans un hôpital ou une région et de détecter des mécanismes de résistance. des niveaux dans une population d’organismes et où la sélection ou l’induction de la résistance est nécessaire avant que le phénotype résistant soit exprimé Les techniques de biologie moléculaire se sont révélées inestimables dans le diagnostic de nombreuses maladies infectieuses et fournissent un aperçu des mécanismes antimicrobiens. résistance a La typologie moléculaire complète des organismes recueillis dans le cadre d’un programme de surveillance mondiale peut également fournir des informations sur l’émergence et la distribution de souches pathogènes spécifiques ainsi que sur la propagation des déterminants de la résistance . programmes de surveillance, le programme de surveillance antimicrobienne SENTRY a incorporé le typage des souches moléculaires et le génotypage par résistance comme moyen de fournir des informations supplémentaires utiles pour la compréhension des microorganismes pathogènes dans le monde. Des exemples de ce travail sont fournis dans d’autres manuscrits du présent supplément. un aperçu des méthodes utilisées, le processus par lequel les méthodes moléculaires sont appliquées dans un programme de surveillance complet, et des exemples supplémentaires mettant en évidence des cas dans lesquels la caractérisation moléculaire s’est révélée utile pour comprendre les groupes de pathogènes résistants

Méthodes moléculaires utilisées dans le programme Sentry

La caractérisation en laboratoire de microorganismes pour établir des liens biologiques et génétiques est fréquemment utilisée par les médecins, les microbiologistes et les épidémiologistes pour faciliter l’investigation des maladies infectieuses. La nécessité de déterminer la parenté des organismes peut survenir au cours d’une enquête épidémiologique. un groupe d’infections dues à des organismes de la même espèce et au phénotype de résistance aux antimicrobiens est identifié et dans lequel les objectifs sont de déterminer la propagation clonale dans un microenvironnement et d’identifier la source d’infection Alternativement, la surveillance épidémiologique propagation clonale et la prévalence des souches dans une population comme une aide à l’évaluation à long terme des stratégies de contrôle ou pour la détection et la surveillance des infections émergentes [,,] De même, la caractérisation des mécanismes moléculaires et biologiques du génotypage de résistance aux antimicrobiens peut améliorer la de microbiologiste Délimitation des souches microbiennes par les méthodes de typage basées sur l’ADN Les empreintes génétiques sont un outil très puissant qui contribue à notre compréhension des épidémies et des infections récurrentes Les chercheurs ont des méthodes de typage basées sur l’ADN pour déterminer la propagation de la résistance aux antimicrobiens. Toutes ces méthodes dépendent de la génération d’un motif distinct ou d’une «empreinte» d’ADN qui peut être visualisée par coloration au bromure d’éthidium ou par hybridation d’acide nucléique. Un niveau additionnel de discrimination peut être utilisé pour identifier les pathogènes microbiens. réalisé par séquençage d’ADN pour détecter des changements de paires de bases uniques Cette approche est particulièrement utile pour caractériser divers gènes de résistance aux antimicrobiens et des mutations causant une résistance à des classes spécifiques d’agents antimicrobiens tableau

Table View largeTélécharger des méthodes génotypiques pour le typage épidémiologique de micro-organismes dans le programme SENTRYTable View largeTélécharger des méthodesGénotypiques pour le typage épidémiologique de micro-organismes dans le programme SENTRY

Table View largeTélécharger des méthodes moléculaires pour détecter la résistance aux antimicrobiens dans le programme SENTRYTable View largeTélécharger des méthodes moléculaires pour détecter la résistance aux antimicrobiens dans le programme SENTRYGénotypage méthodes peuvent être divisés en grandes catégories: méthodes comparatives et méthodes de typage de bibliothèque Les deux sont utiles dans un programme de surveillance les méthodes de typage sont le plus souvent appliquées dans le cadre d’une enquête épidémiologique pour aider à maîtriser la transmission à court terme dans un hôpital ou dans la communauté. Dans cette situation, une méthode de typage est utilisée pour comparer un nombre limité d’isolats collectés Les exigences de performance pour un système de typage comparatif sont une bonne reproductibilité dans un seul essai, un indice de discrimination élevé et la capacité de fournir des résultats pour chaque organisme. Sever Toutes les méthodes de typage basées sur l’ADN remplissent ces critères, mais la méthode la plus utilisée pour le typage comparatif est l’électrophorèse en champ pulsé PFGE PFGE est utilisée comme méthode de typage comparatif dans le programme SENTRY en raison de son excellent pouvoir discriminatoire et de son large spectre. Applicabilité pour la plupart des organismes Gram négatif et Gram positif Les méthodes de typage des bibliothèques sont les plus utiles dans le contexte d’un effort de surveillance épidémiologique prospective La collecte et la caractérisation d’un grand nombre d’organismes sur une période prolongée nécessite des marqueurs de contrainte. avec une nomenclature standardisée et une reproductibilité élevée dans le temps Les modèles doivent pouvoir être analysés et stockés par ordinateur, et le pouvoir discriminant de la méthode doit être mis en balance avec la stabilité évolutive de l’organisme d’intérêt pour permettre la reconnaissance de la dispersion clonale sur Périodes plus prolongées Les systèmes de typage des bibliothèques sont utilisés pour faciliter la surveillance la dispersion géographique et la prévalence des clones épidémiques et endémiques et dans l’évaluation à long terme des stratégies préventives Les études de surveillance telles que SENTRY impliquent généralement des centaines à des milliers d’organismes collectés sur une période prolongée, l’utilisation d’une méthode hautement Les caractéristiques de performance sont satisfaites par le système de caractérisation microbienne RiboPrinter Qualicon, qui est un système automatisé disponible dans le commerce qui effectue le ribotypage et utilise l’analyse assistée par ordinateur pour assurer un degré élevé de standardisation, Excellente comparabilité, rendement élevé et réduction des coûts de main-d’œuvre Le ribotypage à l’aide du RiboPrinter affiche un haut degré de typabilité mais généralement moins de discrimination que le PFGE table Le RiboPrinter est utilisé comme système principal de typage de bibliothèque. le programme SENTRY [-,] Isolates partageant le même ribotype profil sont encore distingués par PFGE [,,]

Tableau View largeDownload slide Comparaison de ribotypage et électrophorèse en champ pulsé PFGE pour typage d’isolats bactériensTable View largeTéléchargement de diapositives Comparaison de ribotypage et électrophorèse en champ pulsé PFGE pour typage d’isolats bactériensLes méthodes moléculaires peuvent être utilisées pour détecter des gènes de résistance aux antimicrobiens spécifiques génotypage de résistance dans une grande variété de Les mécanismes de résistance chez les bactéries gram-négatives et gram-positives sont à la fois complexes et nombreux et incluent l’inactivation enzymatique. Les organismes peuvent contenir plusieurs gènes de résistance différents, et des variations subtiles, par exemple, des mutations ponctuelles dans certains gènes peuvent entraîner l’expression de facteurs de résistance à très large spectre tels que la β-lactamase à spectre étendu. s BLSE Malgré cette complexité, les méthodes basées sur la sonde ADN ou la PCR se sont révélées extrêmement efficaces pour détecter les gènes de résistance aux antimicrobiens, y compris ceux qui codent pour la résistance à la méthicilline chez les staphylococcus mec A, Vancomycine chez les entérocoques A, B, C, D, résistance aux β-lactamines dans les résistances aux entérobactéries, blaTEM, blaSHV et fluoroquinolones chez les bacilles gram négatif et les mutations ponctuelles des cocci gram positif dans les gyr A, gyr B, par C et par E, pour ne nommer que quelques exemples L’utilisation des isoélectriques La focalisation pour définir le complément des enzymes β-lactamases produites par un organisme, suivie par PCR et séquençage du produit amplifié, a permis d’identifier de nouvelles β-lactamases et de détecter la transmission de gènes de résistance entre différentes souches et espèces De même, la caractérisation de la région QRDR des bactéries gram-négatives et gram-positives qui déterminent la résistance aux quinolones peut être réalisée par amplification des gènes gyr A, gyr B, par C et par E par PCR, suivie d’un séquençage des amplicons pour détecter les mutations ponctuelles Comme la résistance aux fluoroquinolones survient par étapes en fonction du nombre de mutations QRDR, la caractérisation moléculaire de la QRDR peut être utile, non seulement pour confirmer le mécanisme de haut niveau résistance aux fluoroquinolones mais aussi pour déterminer la fréquence des mutations de première étape, qui peuvent ne pas produire de résistance manifeste mais créer une population d’organismes qui développera rapidement une résistance de haut niveau une fois qu’une deuxième mutation est acquise . le programme SENTRY pour caractériser davantage les groupes d’organismes ayant des phénotypes de résistance spécifiques et identifier les sous-populations d’organismes apparemment sensibles qui pourraient devenir très résistants, par exemple les mutants QRDR de première étape. En outre, la combinaison du génotypage par résistance et des empreintes génétiques a prouvé être un puissant moyen de caractériser l’épidémiologie des antimi résistance crobiale chez les agents pathogènes nosocomiaux et communautaires [,, -]

Application de méthodes moléculaires dans un système de surveillance global

Justification Dans tout programme de surveillance, la caractérisation phénotypique des microorganismes et l’identification des groupes de certaines espèces et des phénotypes de résistance est le rôle principal du laboratoire de microbiologie. Le laboratoire de surveillance sert ainsi de « système d’alerte précoce ». problème potentiel des organismes résistants dans la population de patients Pour la plupart des programmes de surveillance de la résistance aux antimicrobiens existants, qu’ils soient locaux, régionaux, nationaux ou internationaux, le processus ne va pas beaucoup au-delà de la caractérisation phénotypique et des rapports. Le laboratoire de surveillance doit aller plus loin et fournir une évaluation rapide de la clonalité microbienne par typage moléculaire [,,] L’émergence rapide et la dissémination de la résistance aux médicaments chez les bactéries ont soulevé l’appel pour que le contrôle de ces pathogènes soit une priorité stratégique f ou les hôpitaux à l’échelle mondiale , et la détermination de la clonalité dans un groupe phénotypiquement identique peut avoir un impact direct sur la méthode d’intervention Si les isolats groupés sont distincts génotypiquement, alors le regroupement peut être dû au La dissémination clonale d’une souche résistante illustre la nécessité d’une investigation plus poussée afin d’identifier le mécanisme de propagation et de renouveler l’attention L’identification d’un problème de résistance endémique dû à la présence de plusieurs petits groupes d’organismes nécessite une approche composite de la restriction antimicrobienne et une utilisation ciblée des précautions de contrôle de l’infection par barrière Une détermination supplémentaire du génotype de résistance donne un aperçu des mécanisme de résistance et peut être nécessaire comprendre si un problème de résistance est dû à la transmission de gènes de résistance d’organisme à contrôle d’organisme par restriction antimicrobienne ou transmission d’une seule souche résistante d’un individu à un autre par des précautions de contrôle d’infection Identification d’une sous-population d’organismes de première étape Par exemple, la résistance aux fluoroquinolones peut déclencher des stratégies qui pourraient à la fois prévenir le développement d’une résistance de haut niveau et améliorer la thérapie globale À plus grande échelle, l’identification de clones résistants avec une distribution géographique étendue peut fournir un aperçu de la virulence et de la pathogenèse des souches et peut également entraîner des interventions de santé publique comme la vaccination et les restrictions antimicrobiennes visant à réduire la propagation du pathogène et le problème de résistance [,,,] Toutes les considérations ci-dessus justifient le typage moléculaire complet programme qui fait partie intégrante de la e SENTRY Programme de surveillance antimicrobienne Chaque année, des centaines d’organismes sont caractérisés par des tableaux moléculaires -, l’information est transmise aux centres participants et les données agrégées sont utilisées pour décrire l’épidémiologie des agents pathogènes résistants tels que Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline MRSA [, ], les entérocoques résistant à la vancomycine , et les bacilles à Gram négatif produisant des BLSE

Tableau View largeTélécharger la lameAnalyse moléculaire des clusters d’organismes présentant une multirésistance aux médicaments MDR observés pendant: Objectif SENTRY A Infections sanguinesTable Voir grandDownload slideAnalyse moléculaire des clusters d’organismes présentant une multirésistance aux médicaments MDR observés pendant: Objectif SENTRY A Infections sanguines

Table View largeTélécharger la lameAnalyse moléculaire des agrégats d’organismes présentant une multirésistance aux médicaments MDR observés pendant; SENTRY objectif D infections de la plaieTable Agrandir l’imageDownload slideAnalyse moléculaire des amas d’organismes présentant une multi-résistance aux médicaments MDR observés pendant; SENTRY objectif D blessures infectionProcessus de sélection des organismes pour la caractérisation moléculaire dans le programme SENTRY Chaque année – ~, les laboratoires de coordination de SENTRY à Iowa City, Iowa, et Adelaide, identifient et testent la sensibilité et la résistance des isolats bactériens à différents agents antimicrobiens. Australie Les données AST et les données d’identification de chaque organisme sont revues chaque semaine par les directeurs de laboratoire. Lorsque des profils de résistance inhabituels et des identifications incompatibles avec les profils AST sont détectés, l’AST et l’identification sont répétés pour assurer un degré élevé Les données phénotypiques sont regroupées par centre de soumission, et les données démographiques âge, sexe, lieu d’hospitalisation, date d’admission, date d’infection, maladie sous-jacente sont examinées en même temps que l’ASAT et les informations d’identification pathogènes MDR multirésistants. organismes qui sont resi Les autres phénotypes de résistance qui présentent un intérêt dans le processus d’examen comprennent les entérobactéries productrices potentielles de BLSE, les souches FQR résistantes aux fluoroquinolones des bacilles à Gram négatif et Streptococcus pneumoniae, le SARM et les entérocoques résistants à la vancomycine. les données sont examinées, les groupes ou plus d’isolats avec un phénotype de résistance donnée qui sont également liés dans le temps et l’espace hospitalier sont marqués pour la confirmation immédiate du profil et de l’identification AST et pour l’empreinte digitale ADNLe haut débit offert par le RiboPrinter automatisé permet la génération de ribotype profils pour la plupart des organismes dans la journée Le profil de chaque organisme est comparé à tous les profils dans la base de données RiboPrinter, et chaque organisme est assigné à un ribogroupe selon des critères standardisés Les données RiboPrinter sont ensuite examinées, et si PFGE est requis , l’organisme est prévu pour PFGE un Analyse Une fois tous les travaux achevés, les données sont saisies dans la base de données SENTRY et un rapport est généré et envoyé au centre de dépôt. Ce processus a permis d’identifier la propagation clonale dans des grappes de pathogènes MDR – Caractérisation des organismes par rapport à Le typage hiérarchique dans un programme de surveillance est souvent multiple D’une part, il est nécessaire d’utiliser un système de typage de bibliothèque pour surveiller la propagation géographique et les changements de prévalence des clones épidémiques et endémiques. Au fil du temps D’autre part, une méthode de typage comparatif est utile pour étudier plus en détail des grappes d’infection plus petites et avec un pouvoir discriminatoire plus important Enfin, lorsque des isolats présentant des phénotypes inhabituels ou uniques sont détectés, il est nécessaire de déterminer le génotype de résistance Ainsi, le flux de travail dans un grand projet de surveillance tel que SE NTRY procède d’une manière hiérarchique, de l’examen détaillé des données phénotypiques à l’utilisation d’un système de bibliothèque tel que le ribotypage, afin de fournir un niveau secondaire de discrimination, suivi par l’utilisation d’un système de typage comparatif tel que PFGE pour délimiter davantage souches au sein d’une grappe partageant les mêmes caractéristiques phénotypiques et le même ribotype Le génotypage par résistance peut être utilisé à n’importe quel stade de ce continuum pour fournir des informations supplémentaires concernant les mécanismes de résistance

Grappes d’organismes résistants en sentinelle

Dans une revue du nombre de groupes d’organismes MDR identifiés et moléculairement caractérisés pour les infections sanguines SENTRY objectif A, la pneumonie objective C chez les patients hospitalisés et les infections objectives de la peau et des tissus mous, il est clair que S aureus est le plus important pathogène en termes de nombre total d’infections et un pathogène nosocomial important avec un haut degré de tableaux de transmission nosocomiale – Entre% et% des groupes MDR-MRSA identifiés par dépistage phénotypique même antibiogramme, isolé dans le même hôpital pendant la même période contenait des preuves de – Une analyse plus approfondie des isolats de MDR-MRSA provenant d’infections de la circulation sanguine a démontré une très large propagation de certains clones, non seulement dans un hôpital ou une ville, mais aussi entre les régions géographiques des continents [, ] table ; figure Par exemple, le même clone MDR-MRSA défini par le ribotype et les profils PFGE a été observé au Brésil, en Italie et au Portugal. Dans les établissements individuels au sein de ces zones géographiques, on a également observé une propagation locale dans les hôpitaux . La propagation de la MDR-MRSA est définie par Diekema et al , et tous soulignent l’importance de S aureus, en particulier MDR-MRSA, en tant que pathogène global. Des systèmes de surveillance complets et persistants tels que SENTRY permettent de tracer non seulement Phénotype MDR mais aussi les principaux génotypes MDR

Tableau View largeTélécharger slideÉlectrophorèse sur gel en champs pulsés courantsModèles PFGE d’isolats sanguins Staphylococcus aureus multirésistants / résistants à la méthicilline contenus dans les ribotypes les plus courants, y compris la distribution géographiqueTable View largeTélécharger diapositive Électrophorèse sur gel à champ pulsé commun Modèles PFGE de médicaments multirésistants / méthicillines isolats sanguins résistants de Staphylococcus aureus contenus dans les ribotypes les plus communs, y compris la distribution géographique

Figure View largeTableau de téléchargementRibotype et électrophorèse sur gel en champ pulsé Profils PFGE des isolats de Staphylococcus aureus résistants à la méthicilline Les isolats avec ribotype – démontrent des profils PFGE indiscernables A Les isolats englobés par désignation ribotypique – représentent différentes souches par analyse PFGE: isolats B, isolats E et D isoler Cet exemple démontre l’utilité de l’utilisation des deux méthodes de typage moléculaire. View largeTélécharger la lameRibotype et électrophorèse en champ pulsé Profils PFGE des isolats de Staphylococcus aureus résistants à la méthicilline Les isolats avec ribotype – montrent des profils PFGE indiscernables A Les isolats englobés par désignation ribotypique – représentent différents souches par analyse PFGE: isolats B, isolats E et isolats D Cet exemple démontre l’utilité de l’utilisation des deux méthodes de typage moléculaire. L’analyse en temps réel et la notification de ces souches aux hôpitaux individuels est un service supplémentaire de la SE. Le programme NTRY et peut contribuer au contrôle de cet important pathogène mondial Parmi les Enterobacteriaceae collectées dans le programme SENTRY, Escherichia coli et Klebsiella pneumoniae sont les pathogènes les plus courants des agents pathogènes de la circulation sanguine MDR provoquant des grappes d’infections; ~% Des clusters reconnus représentent la propagation clonale Les cas de propagation clonale sont dus presque entièrement à des souches productrices de BLSE, et le plus souvent les infections proviennent des voies urinaires, sanguines ou des voies respiratoires tableau Dans la plupart des cas, propagation clonale des souches productrices de BLSE est confinée à une seule institution ou à une ville, mais on a également observé une dissémination interinstitutionnelle dans un pays ou une région. Notamment, le spectre des enzymes β-lactamases identifié par focalisation isoélectrique dans chaque groupe est similaire variation, même au sein d’une seule table clone

Tableau View largeTélécharger la lameCaractérisation moléculaire de souches d’Escherichia coli et de Klebsiella pneumoniae ayant des enzymes ESBL isolées des bactériémies et des infections urinaires dans les centres médicaux des pays d’Amérique latineTable View largeTélécharger la lameCaractérisation moléculaire des souches Escherichia coli et Klebsiella pneumoniae ayant des enzymes ESBL isolées des bactériémies et des infections urinaires dans les centres médicaux. Pays d’Amérique latine Les clusters d’entérobactéries productrices de BLSE ne sont pas limités à E. coli et K pneumoniae Un groupe important d’infections des voies respiratoires et du sang dues à une seule souche de Proteus mirabilis productrice de BLSE a été identifié dans un hôpital en Argentine. Tableau des efforts de surveillance de SENTRY Ces efforts continus sont exactement le rôle qu’un programme de surveillance mondiale devrait jouer en aidant et en augmentant les efforts locaux de lutte contre l’infection.

Tableau View largeTélécharger un cluster épidémique de souches productrices de β-lactamase à spectre étendu de Proteus mirabilis causant une pneumonie et une infection sanguine dans un seul centre médical Tableau ViewTélécharger un groupe épidémique de souches productrices de β-lactamase à spectre étendu de Proteus mirabilis causant la pneumonie et Il est intéressant de noter que les entérocoques résistants à la vancomycine ne se sont pas révélés très problématiques en ce qui concerne la propagation clonale dans le programme SENTRY Seuls des cas de propagation clonale probable dans différentes institutions ont été reconnus parmi les isolats d’infections sanguines Tableau Une propagation clonale et sporadique supplémentaire d’entérocoques résistants à la vancomycine chez les patients atteints d’infections des voies urinaires a également été notée tableau

Tableau View largeTélécharger la lameL’évaluation moléculaire d’Enterococcus faecium résistant à la vancomycine produisant des infections des voies urinaires dans des centres médicaux surveillésTable View largeTélécharger une diapositiveOptimisation moléculaire d’Enterococcus faecium résistant à la vancomycine produisant des infections urinaires dans des centres médicaux surveillésUn groupe de pathogènes nosocomiaux à Gram négatif particulièrement divers et hautement résistants comprend les bacilles à Gram négatif non-entériques, Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter species et Stenotrophomonas maltophilia Ces organismes causent principalement des infections sanguines et respiratoires et résistent souvent à pratiquement toutes les classes d’agents antimicrobiens Grappes de souches MDR de P aeruginosa provoquant une infection sanguine, La pneumonie et l’infection des voies urinaires ont été reconnues dans les tableaux du système SENTRY [,,] – et Ces organismes sont souvent résistants aux carbapénèmes ainsi qu’aux β-lactamines et aux aminoglycosides, et la transmission de souches épidémiques dans les centres médicaux individuels a été bien documenté tableau

Tableau View largeTélécharger une analyse épidémiologique moléculaire d’isolats d’isolats d’espèces Acinetobacter, d’isolats de Pseudomonas aeruginosa et d’isolats de Stenotrophomonas maltophilia chez des patients hospitalisés pour pneumonie dans des centres médicaux de différents paysTable View largeTélécharger une analyse épidémiologique moléculaire d’isolats d’isolats d’espèces Acinetobacter, Pseudomonas aeruginosa isolats et isolats de Stenotrophomonas maltophilia provenant de patients hospitalisés avec pneumonie dans des centres médicaux de différents paysDes schémas similaires d’infection avec des groupes MDR d’espèces Acinetobacter et S maltophilia ont été observés, avec propagation clonale – en particulier d’espèces Acinetobacter – chez des patients atteints de pneumonie et d’appareil urinaire. tableau d’infection [,,] Ces organismes sont omniprésents dans l’environnement hospitalier, et avec l’avènement d’agents spectraux à Gram positif plus efficaces , ils doivent être gardés sous surveillance prudente. crutiny, car ils constituent une menace infectieuse majeure sans couverture antimicrobienne actuelle adéquate Un moyen supplémentaire de fournir la caractérisation moléculaire des organismes résistants dans un programme de surveillance est en définissant le mécanisme de résistance [-,] Dans le programme SENTRY, en plus de fournissant des preuves phénotypiques de la production de BLSE, le complément entier des enzymes β-lactamases possédées par un organisme donné est déterminé en utilisant des tables de focalisation isoélectrique et nous avons trouvé que dans la plupart des cas, les souches productrices de BLSE des entérobactéries ont au moins lactamases et que le profil de β-lactamase est compatible avec le profil d’empreintes génétiques pour un groupe donné de tableaux de bacilles à Gram négatif produisant des BLSE et, dans certains cas, des différences dans le profil des β-lactamases Un aperçu supplémentaire de l’épidémiologie moléculaire de la table de cluster MDR De même, bien qu’il ne soit pas difficile d’identifier le ph Des souches énotypiques d’organismes présentant une résistance élevée aux fluoroquinolones, pour des espèces inhabituelles telles que Moraxella catarrhalis et Haemophilus influenzae, il est très utile de caractériser les mutations de la QRDR responsables de la résistance chez ces organismes De même, dans le cadre d’une programme de surveillance complète, la caractérisation moléculaire des mutants QRDR premier stade peut fournir des informations utiles pas évidentes sur la base de méthodes phénotypiques qui permet de suivre les progrès des mutants QRDR premier et deuxième stade à travers des populations microbiennes spécifiques le programme SENTRY, nous l’avons fait pour les deux tables E coli et S pneumoniae et les résultats sont très préoccupants et indiquent des sous-populations assez étendues d’organismes apparemment sensibles par des méthodes phénotypiques qui peuvent rapidement passer dans la catégorie résistante, étant donné l’acquisition d’une seconde mutation

Table View largeTéléchargementsMultiples dans la région déterminant la résistance aux quinolones du gène gyr A parmi les souches d’Escherichia coli sensibles à la ciprofloxacine isolées de patients souffrant d’infections des voies urinaires en Amérique latineTable View largeTéléchargementsMotations dans la région déterminant la résistance aux quinolones du gène gyr A parmi les souches d’Escherichia coli sensibles à la ciprofloxacine isolées de patients atteints d’infections des voies urinaires en Amérique latine

Tableau View largeTélécharger la lameCaractérisation moléculaire de Streptococcus pneumoniae sensible aux fluoroquinolonesTable View largeTélécharger la lameCaractérisation moléculaire de Streptococcus pneumoniae sensible aux fluoroquinolones

Résumé et conclusions

Cet aperçu démontre le rôle très important de la caractérisation moléculaire des organismes obtenus au cours d’un programme de surveillance de la résistance aux antimicrobiens. Afin de fournir un service complet de caractérisation moléculaire, les organismes eux-mêmes doivent être facilement disponibles. Nous pensons que la capacité à avoir des organismes phénotypiquement et génotypiquement caractérisés offre des niveaux de standardisation, de contrôle de la qualité, de flexibilité et de réactivité inégalés par les autres programmes de surveillance. La capacité de fournir des services d’épidémiologie moléculaire aux centres de soumission individuels constitue un aspect important du programme SENTRY à «valeur ajoutée». De même, la possibilité d’utiliser diverses méthodes pour suivre la propagation géographique de clones spécifiques fournit de nouvelles informations et des Enfin, l’application de tests moléculaires pour définir les mécanismes de résistance entre les différentes souches de bactéries peut être utile dans l’évaluation des phénotypes de résistance, dans la conception d’agents alternatifs, et dans la prédiction de l’émergence. des groupes d’organismes ayant le potentiel de résistance élevée à toute une classe d’agents antimicrobiens Peut-être qu’avec l’utilisation de ces informations pour modifier les pratiques de prescription, la progression vers une résistance de haut niveau peut être évitée, économisant ainsi toute une classe de agents antimicrobiens

Sylvie

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