Identification des espèces de Clostridium par S-ARNr Pyroséquençage Métagénomique

Identification des espèces de Clostridium par S-ARNr Pyroséquençage Métagénomique

Au rédacteur-Nous lisons avec intérêt l’étude de Heida et al chikungunya. Qui visait à déterminer, par S rRNA Pyroséquençage, la diversité et la composition du microbiote intestinal chez les nouveau-nés prématurés à risque d’entérocolite nécrosante NEC et sa relation séquentielle au développement NEC Dans cet essai prospectif, les auteurs ont analysé le premier échantillon de fèces et les derniers échantillons de selles avant NEC. Notamment, la présence et l’abondance de séquences ressemblant à Clostridium perfringens étaient significativement augmentées chez les nouveau-nés avec NEC par rapport aux témoins Ces résultats ouvrent des voies prometteuses pour la détection et prévention du NEC Cependant, nous aimerions souligner quelques limites dans l’interprétation du rôle spécifique de C perfringens dans la pathogenèse des CNE. Dans l’étude de Heida et al., la région VV du gène S rRNA a été amplifiée à partir de l’ADN bactérien par PCR en chaîne par polymérase Dans une autre étude dans laquelle l’association entre C perfringens et l’apparition de NEC était Par contre, dans une étude précédente, nous avons montré que Clostridium butyricum était spécifiquement associé à NEC en utilisant la région V pour le pyroséquençage de l’ARNr de S, confirmé par une analyse parallèle en culture et une PCR quantitative. des tests à plus grande échelle, et une autre équipe a signalé la survenue de NEC épidémique associée à Clostridium neonatale De telles différences pourraient en partie s’expliquer par le choix de la sonde et des amorces En effet, les régions variables du gène S rRNA permettent L’identification des bactéries a évolué à différents rythmes évolutifs, conduisant à des différences significatives d’hétérogénéité de base et de pouvoir discriminant phylogénétique Sachant que Clostridia appartient à un groupe complexe phylogénétiquement hétérogène, avec quelques clusters ayant une forte diversité génétique, nous nous sommes concentrés sur Clostridium sensu stricto cluster I, dans lequel C butyricum est l’espèce type Nous avons aligné la région VV du Clostridium spe Nous avons mis en évidence les espèces de Clostridium appartenant au groupe I, y compris celles précédemment associées à NEC chez les nouveau-nés prématurés à savoir C butyricum, C neonatale et C perfringens. et noté que la distance phylogénétique entre leurs régions VV était plus proche et donc moins discriminante par rapport à leurs régions V [Figure] De même, Chakravorty et al ont montré que la région hypervariable V – était la région hypervariable la plus courte avec le degré maximum d’hétérogénéité de séquence. le genre Clostridium

Figure Vue grandDisque de téléchargement Arbres généalogiques construits à partir de l’alignement des séquences correspondant aux régions Clostridium VV et V du gène S rRNA Les régions VV A et VB du gène S rRNA ont été sélectionnées parmi toutes les espèces Clostridium disponibles dans le Ribosomal Database Project Nous avons ensuite utilisé le logiciel Molecular Evolutionary Genetics Analysis pour construire l’arbre phylogénétique à partir des séquences alignées. Nous avons mis en évidence les espèces Clostridium appartenant au groupe I, y compris Clostridium perfringens orange, Clostridium neonatale violet et Clostridium butyricum turquoiseFigure View largeTéléchargement des arbres généalogiques construits à partir de l’alignement des séquences correspondant au Clostridium VV et aux régions V du gène S rRNA Les régions VV A et VB du gène S rRNA ont été sélectionnées parmi toutes les espèces de Clostridium disponibles dans le Ribosomal Database Project en utilisant les amorces FR et FR, respectivement Nous avons ensuite utilisé Molecula Nous avons mis en évidence les espèces de Clostridium appartenant au groupe I, y compris l’orange de Clostridium perfringens, le violet de Clostridium neonatale et le logiciel d’assignation taxonomique le plus automatisé de Clostridium butyricum, comme le projet de base de données ribosomique. RDP, ne permet qu’une identification limitée de phylum au genre Nous avons comparé la région VV de C butyricum à la base de données RDP et obtenu comme première identification Clostridium sp, alors que C perfringens a été correctement identifié. La région V a permis une identification précise au niveau des espèces. En conclusion, nous suggérons que d’autres études explorant le microbiote intestinal associé au NEC incluent des méthodes complémentaires basées sur la culture pour confirmer l’identification des bactéries au niveau de l’espèce.

Remarque

Conflits d’intérêts potentiels Tous les auteurs: Aucun conflit signalé Tous les auteurs ont soumis le formulaire ICMJE pour la divulgation des conflits d’intérêts potentiels Conflits que les éditeurs considèrent pertinents pour le contenu du manuscrit ont été divulgués

Sylvie

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