Une étude préliminaire de l’étiologie de la pneumonie chez les enfants hospitalisés au Kenya

Une étude préliminaire de l’étiologie de la pneumonie chez les enfants hospitalisés au Kenya

Contexte La pneumonie est la principale cause de mortalité infantile dans le monde en développement Des données étiologiques de meilleure qualité sont nécessaires pour réduire ce fardeau de mortalité. Méthodes Nous avons réalisé une étude cas-témoin d’étiologie de la pneumonie chez des enfants âgés de 13 mois. Pneumonie grave définie par l’organisation SP ou pneumonie très grave VSP; Les prélèvements oropharyngés sur écouvillon pour la PCR multiplex ont été réalisés chez des patients, et le sérum pour des sérologies et des prélèvements naso-pharyngés en PCR multiplex chez des patients controlsResults Parmi les patients éligibles,% ont été inclus dans l’étude; Les cultures sanguines étaient positives chez les patients% Un pathogène potentiel prédominant a été identifié dans la culture des expectorations chez les patients% Un virus respiratoire a été détecté par PCR à partir de prélèvements nasopharyngés chez des patients% et des témoins% Seul virus respiratoire syncytial Le RSV a montré une association statistiquement significative entre la détection du virus dans le rhinopharynx et le rapport de cotes d’hospitalisation de pneumonie; % intervalle de confiance, – Parmi les cas chez lesquels tous les échantillons à l’exception des échantillons sériques ont été recueillis, les bactéries ont été identifiées en%, virus en%, infection virale et bactérienne mixte en%, et aucun agent pathogène en%; Les causes bactériennes ont été plus nombreuses que les causes virales lorsque les résultats de l’analyse cas-témoins ont été pris en compte. Conclusions Une étiologie potentielle a été détectée chez plus de% des enfants admis avec SP ou PSV Sauf pour RSV, l’analyse cas-témoin n’a pas détecté d’association entre le nasopharynx et l’hospitalisation pour pneumonie

La pneumonie est une cause majeure de mortalité infantile en Afrique subsaharienne En prévision de participer à l’étude PERCH sur l’étiologie de la pneumonie infantile, nous avons mené une étude pilote de déterminer l’étiologie chez les nourrissons et les enfants atteints de pneumonie sévère admis dans un hôpital de district rural du Kenya Les leçons de l’étude ont été appliquées à la conception de l’étude PERCH multisite plus grande

Méthodes

Emplacement

L’étude a été menée dans le district de Kilifi, une communauté rurale sur la côte kenyane. Le paludisme est endémique dans la région, bien que la transmission ait diminué Haemophilus influenzae type b vaccin conjugué a été introduit, et la couverture pour les doses est% mois vaccin antipneumococcique conjugué n’avait pas été introduit au moment de l’étude

Participants

Les patients étaient des enfants admis à l’hôpital KDH de Kilifi pendant la période de janvier à décembre, atteints de pneumonie grave SP ou de pneumonie très grave. Selon les définitions de l’Organisation Mondiale de la Santé, SP était défini comme un tirage inférieur de la paroi thoracique chez un enfant. antécédents de toux ou de difficulté respiratoire La PSV était définie par la cyanose, la saturation en oxygène, l’incapacité de se nourrir, le hochement de tête ou l’altération de la conscience chez un enfant ayant des antécédents de toux ou de difficulté à respirer; Les contrôles étaient un échantillon de convenance d’enfants fréquentant la clinique ambulatoire de KDH ou dans les centres de santé périphériques de mars à février, qui ne correspondaient pas à la définition de cas pour SP ou PSV et ont été recrutés en utilisant un appariement marginal des fréquences selon l’âge groupe et mois de l’année Deux groupes d’enfants témoins ont été inclus: ceux présentant les symptômes d’une infection des voies respiratoires supérieures, y compris la toux, le nez qui coule ou bouché, ou le mal de gorge, et ceux sans aucun symptôme ou signe d’infection respiratoire

Prélèvement d’échantillons et méthodes de laboratoire

Un ensemble de base d’investigations cliniques et de laboratoire a été réalisé pour tous les patients, avec des investigations supplémentaires étagées sur l’étude au fur et à mesure que la capacité clinique et de laboratoire augmentait. Les patients ont été étudiés avec un nombre de cellules sanguines complet; film sanguin pour les parasites du paludisme; culture sanguine; sérologie infectieuse; NPS du prélèvement rhinopharyngé, OPS sur écouvillon oropharyngé, et des échantillons de crachats induits IS pour analyse; Les sérums ont été analysés par agglutination sur lame. Les organismes suivants ont été considérés comme des contaminants lorsqu’ils ont été identifiés dans des hémocultures: espèces de Bacillus, corynéformes, espèces de Micrococcus, coagulase. Staphylocoques négatifs et streptocoques viridans Des échantillons sériques de streptocoques ont été prélevés lors de l’enrôlement et des échantillons de convalescence de suivi ont été analysés pour la présence d’anticorps anti-immunoglobuline G contre le virus respiratoire syncytial (VRS), la grippe A, la grippe B, le parainfluenza, adénovirus et toxine Bordatella pertussis par dosage immuno-enzymatique Euroimmun Des échantillons de sérum aigu-convalescent apparié et des échantillons non appariés aigus ont été testés pour des anticorps anti-immunoglobulines M dirigés contre Mycoplasma pneumoniae Serodia Mycoll; Fujirebio Pour chacun de ces agents pathogènes respiratoires, l’infection aiguë a été définie comme une augmentation du titre d’anticorps dans des échantillons de sérum aiguë-convalescents appariés pour M pneumoniae, un titre réciproque unique & gt; a également été considéré comme positif Une infection possible avec B pertussis a été définie comme un seul échantillon avec une concentration d’anticorps & gt; mIU / mL Le test VIH a été réalisé sur du sang de patients selon la politique nationale kenyane d’hospitalisation pédiatrique, en utilisant des tests rapides d’anticorps: Determine Inverness Medical Innovations et Unigold Trinity BiotechNasopharyngeal Flocage des échantillons sur écouvillon Copan Diagnostics ont été collectés chez des patients et des témoins. patients admis en janvier-février ou juin-décembre, écouvillons oropharyngés en mousse de polyuréthane Sigma-Swab; Fil médical & amp; Les échantillons ont été conservés à ° C et analysés dans les heures suivant la collecte. L’expectoration spontanée ou l’aspiration du nasopharynx postérieur avec un cathéter stérile relié à un piège à échantillon, en évitant d’aspirer le contenu nasal antérieur, a permis d’obtenir des expectorations spontanées avec du salbutamol nébulisé pour éviter la bronchoconstriction. Dans un premier temps, un spécimen IS a été prélevé uniquement chez des patients suspects de tuberculose, mais à partir d’avril, tous les cas ont été soumis à une induction d’expectoration. Des échantillons ont été étudiés par microscopie, culture bactérienne, amplification en chaîne par polymérase PCR, et, si cliniquement indiqué, culture mycobactérienne Nous avons évalué la qualité des échantillons d’expectoration en utilisant le score de Bartlett en évaluant microscopiquement le frottis de coloration de Gram Le nombre de cellules épithéliales pavimenteuses par champ de faible puissance a été noté & lt ;, -, et & gt; cellules ont été notées, -, et -, respectivement, comme était la présence de leucocytes & gt ;, -, et & lt; Un score total ≥ a été considéré comme une bonne qualité. Les isolats étaient considérés comme potentiellement causatifs s’ils étaient prédominants sur la coloration de Gram ou sur le plaque de culture sur d’autres organismes Ziehl-Neelsen frottis de crachats concentrés colorés ont été examinés pour les bacilles acido-résistants et cultivés pour les mycobactéries en utilisant le système Bactec MIGT BD Diagnostics La présence de Mycobacterium tuberculosis dans les cultures bacilles acido-résistants a été confirmée par le génotype Essai MTBC Hain LifescienceL’acide nucléique a été extrait de spécimens NPS, OPS et IS et testé par PCR multiplex pour les agents pathogènes respiratoires: RSV A et B, adénovirus, rhinovirus, métapneumovirus humain, coronavirus NL, OC, E, virus parainfluenza -, virus grippaux A , B, C, et M pneumoniae Pour détecter l’activité antimicrobienne, un disque de papier-filtre de mm a été inoculé avec μL de sérum ou d’urine et pl Aced sur une plaque de gélose nutritive striée avec Staphylococcus aureus American Type Culture Collection, puis incubée pendant la nuit à ° C Une zone d’inhibition de la croissance s’étendant au-delà du diamètre du papier filtre indiqué activité antimicrobienne

Analyses statistiques

L’analyse a été effectuée avec le logiciel STATA, la version StataCorp Proportions comparées en utilisant le test or ou le test exact de Fisher. Les données continues ont été comparées par test t L’accord entre détection de pathogènes par PCR multiplex utilisant différents types d’échantillons a été évalué par la statistique κ de la détection des agents pathogènes avec la sévérité de la maladie, les rapports de cotes ont été calculés en comparant les cas et contrôlent ceux avec et sans URTI par régression logistique multivariée, ajustés pour le groupe d’âge & lt; , -, ou ≥ mois et saison saison sèche: novembre à avril Lorsqu’il n’était pas possible d’effectuer une régression logistique parce que la valeur de la cellule était, le test exact de Fisher a été utilisé pour estimer la signification de l’association. a été isolé à partir de l’hémoculture, un pathogène bactérien prédominant a été identifié à partir de la culture IS, les échantillons de sérum étaient positifs pour M pneumoniae ou B pertussis, ou les résultats de PCR étaient positifs pour M pneumoniae; virale si l’échantillon IS, NPS ou OPS avait des résultats de PCR positifs pour un agent pathogène viral; mélangé si une bactérie et un virus ont été identifiés; ou inconnu Un autre modèle d’étiologie a été créé qui comprenait uniquement des pathogènes significativement associés à l’analyse cas-témoins. L’étude a été approuvée par le Comité National Ethical Review du Kenya et le Comité Tropical Ethical Review d’Oxford.

RÉSULTATS

Parmi les enfants âgés de – mois admis à la KDH pendant la période d’étude,% répondaient à la définition de cas Parmi les éligibles,% ont accepté de participer à l’étude,% ont refusé et% n’ont pas été approchés car le consentement est décédé pendant le processus d’admission. l’échec du système informatisé de signalement n’a pas été abordé pour d’autres raisons. Les enfants admissibles qui n’ont pas participé étaient significativement plus âgés, présentaient une prévalence plus élevée de parasitémie palustre et présentaient une mortalité plus élevée chez les patients hospitalisés. Par comparaison avec les patients avec SP, les patients avec VSP avaient des séjours hospitaliers plus longs, une prévalence plus élevée de parasitémie palustre, une mortalité plus élevée et étaient moins susceptibles d’avoir un diagnostic de décharge de pneumonie. contrôles; P & lt; , avait une prévalence plus élevée de la circonférence mi-supérieure bras & lt; cm% vs% dans les contrôles; P & lt; , et étaient plus susceptibles d’être des hommes% vs% dans les contrôles; P =

Comparaison entre les participants et les non-participants chez les enfants âgés de – Hospitalisés avec une pneumonie sévère ou très sévère Participants n = Non participants n = Caractéristique Non% Non% Pa Sexe masculin Âge, médiane IQR, mob – … – … Pneumonie très sévère Malnutrition sévèreb Infection par le VIHc Bactériémie Paludisme parasitemique Mortalité des patients hospitalisés & lt; Participants n = Nonparticipants n = Caractéristique Non% Non% Pa Sexe masculin Âge, médiane IQR, mob – … – … Pneumonie très sévère Malnutrition sévère b Infection par le VIH B Bactériémie Malaria parasitemique Mortalité des patients hospitalisés & lt; Abréviations: VIH, virus de l’immunodéficience humaine; IQR, rangées interquartiles pour la comparaison des proportions, test t pour l’âge Les valeurs en gras indiquent des différences significatives au P & lt; levelbDéfini comme score z de poids-pour-taille de – ou moins ou kwashiorkorcParmi ceux-ci sampledView Large

Tableau Caractéristiques et exhaustivité de l’échantillonnage des cas âgés – Mois avec pneumonie sévère ou très sévère Tous les patients n = Pneumonie sévère n = Pneumonie très sévère n = Caractéristique Non% Non% Non% Pa Âge, médiane IQR, mo – … – … – … Sexe masculin Malnutrition sévèreb Malaria parasitemiac & lt; Infection par le VIHc Durée du séjour, QRI médian, h – … – … – … Diagnostic de pneumonie à la sortie & lt; Mortalité des patients hospitalisés & lt; Hémoculture collectée sérum collecté échantillon NPS collecté spécimen OPS collecté spécimen IS collecté culture bactérienne IS réalisée PCR multiplex IS réalisée & lt; IS pour la culture mycobactérienne Sérum recueilli pour bioassay & lt; Urine recueillie pour bioassay & lt; Urine prélevée avant antibiotiques Tous les cas n = Pneumonie sévère n = Pneumonie très sévère n = Caractéristique Non% Non% Non% Pa Âge, médiane IQR, mo – … – … – … Sexe masculin Malnutrition sévèreb Paludisme parasitemique & lt; Infection par le VIHc Durée du séjour, QRI médian, h – … – … – … Diagnostic de pneumonie à la sortie & lt; Mortalité des patients hospitalisés & lt; Hémoculture collectée sérum collecté échantillon NPS collecté spécimen OPS collecté spécimen IS collecté culture bactérienne IS réalisée PCR multiplex IS réalisée & lt; IS pour la culture mycobactérienne Sérum recueilli pour bioassay & lt; Urine recueillie pour bioassay & lt; Urine recueillie avant les antibiotiques Abréviations: VIH, virus de l’immunodéficience humaine; IQR, intervalle interquartile; IS, crachats induits; NPS, écouvillon nasopharyngé; OPS, écouvillon oropharyngé; PCR, réaction en chaîne de la polymérase a Comparaison entre une pneumonie sévère et une pneumonie très sévère χ pour la comparaison des proportions, test t pour l’âge et la durée du séjour Les valeurs en gras indiquent des différences significatives au P & lt; levelbDéfini comme score de poids-pour-taille de – ou moins ou kwashiorkorC Parmi ceux testés parmi ceux inclus dans la période où ce spécimen a été inclus dans l’algorithme d’échantillonnageVoir les cultures de LargeBlood ont été obtenues chez beaucoup plus de patients atteints de SP que de VSP. identifié en% et un contaminant en% des hémocultures La proportion de cas avec une hémoculture positive ne différait pas entre ceux avec SP% et ceux avec PSV%, ni entre ceux avec ou sans activité antimicrobienne dans les échantillons d’urine ou de sérum Chez les patients ayant subi une hémoculture et un test de dépistage du VIH, l’hémoculture était positive chez les patients séropositifs% et chez les patients séronégatifs% P & lt; Les pathogènes isolés dans l’hémoculture étaient Streptococcus pneumoniae n =, nontyphi salmonellae n =, H influenzae n =, Escherichia coli n =, espèce Klebsiella n =, streptocoque du groupe D n =, S aureus n =, espèce Burkholderia n =, Moraxella catarrhalis n =, et Campylobacter jejuni n = Deux% des isolats de H influenzae étaient de type bLes échantillons de sérum de convalescence et de convalescence étaient prélevés chez les patients% et chez les témoins%. Les cas et les témoins chez lesquels des échantillons sériques appariés étaient recueillis étaient similaires à ceux chez qui les spécimens n’étaient pas disponibles en termes d’âge, de sexe, de prévalence de la circonférence du bras moyen. La proportion de patients avec des résultats sérologiques positifs ne différait pas entre les cas avec SP et ceux avec PSV pour l’un des pathogènes. Données ciblées non montrées Test sérologique une infection a été identifiée avec un pathogène respiratoire chez les patients% et des témoins% Tableau Un test sérologique a fourni un diagnostic chez les patients% chez lesquels tous les autres tests étaient négatifs Confirmé ou probable B infection coquelucheuse identifiée chez les patients dont l’âge était ≤ mois et tous avaient ≤ mois d’âge; statut de vaccination inconnu L’analyse cas-témoins suggérait une association entre la détection sérologique du VRS et l’admission avec SP ou VSP Tableau L’association entre la preuve sérologique d’infection et la détection par PCR d’un agent pathogène pour tous les types d’échantillons et pathogènes est résumée dans le tableau supplémentaire A

Tableau de détection des pathogènes respiratoires par sérologie chez les patients âgés de plusieurs mois atteints de pneumonie sévère ou très sévère et chez les témoins témoins sans URTI n = contrôles avec URTI n = tous les contrôles n = cas n = aOR pour les patients par rapport aux contrôles sans Cas Patients vs Tous Contrôles Agent pathogène Non% Non% Non% Non% aOR% CI aOR% CI VRS – – Adénovirus ∞ a – Parainfluenza – – Grippe A ∞ a ∞ a Grippe B ∞ a ∞ a Bordatella pertussis – – B pertussisb – – Mycoplasma pneumoniae – – M pneumoniae – – Tout agent pathogène – – Tout virus – – Contrôles sans URTI n = Contrôles avec URTI n = Tous les contrôles n = Cas patients n = aOR pour les patients par rapport aux contrôles Sans URTI AOR pour les patients par rapport à tous les contrôles Agent pathogène Non% Non% Non% Non% aOR% CI aOR% CI VRS – – Adénovirus ∞ a – Parainfluenza – – Grippe A ∞ a ∞ a Grippe B ∞ a ∞ a Bordatella pertussis – – B pertussisb – – Mycoplasma pneumoniae – – M pneumoniae – – Tout agent pathogène – – Tout virus – – Les valeurs en gras indiquent des différences significatives au P & lt; niveau; ∞ indique OR égal à infinityAbbreviations: aOR, odds ratio ajusté OU ajusté pour l’âge et la saison; CI, intervalle de confiance; VRS, virus respiratoire syncytial; URTI, infection des voies respiratoires supérieures: valeur pour les cas par rapport aux témoins T test exact de FisherSubjects avec probables ainsi que ceux avec infection confirméeSubjects dont les résultats étaient positifs en utilisant des échantillons appariés aigus-convalescentsd Sujets dont les résultats étaient positifs en utilisant des échantillons aigus-convalescents. échantillons témoins sans URTI, contrôles avec URTI, tous les contrôles et patients patients View Grand échantillon IS a été prélevé chez des patients, dont% avaient un score de Bartlett ≥ Un agent pathogène bactérien potentiel prédominant a été identifié en% en général et en spécimens de bonne qualité % Un agent pathogène prédominant a été identifié chez les patients% avec SP et chez% avec VSP P = Les pathogènes les plus fréquemment isolés étaient S pneumoniae n =, M catarrhalis n =, et H influenzae n = Tableau supplémentaire B Parmi les patients avec IS spécimen et une culture de sang, la culture de sang a été positive chez les enfants avec une culture de SI positif%: de cas p Chez les patients atteints de bactériémie à pneumocoque, les agents pathogènes isolés dans la culture IS étaient S pneumoniae n =, M catarrhalis n =, et Pseudomonas aeruginosa n =; le patient avait une bactériémie à Klebsiella pneumoniae et H influenzae dans la culture IS Des échantillons de cas de tuberculose présumée chez les cas, la culture était positive pour M tuberculosis en%; Sur la base des résultats cliniques, une tuberculose hautement probable a été diagnostiquée chez des enfants ayant des cultures IS négatives, tous ayant bien réagi au traitement de la tuberculose. Un virus respiratoire a été détecté en% du NPS,% de l’OPS et% des IS. dans les échantillons NPS chez les patients% avec VSP et% avec SP P =; virus parainfluenza a été détecté dans l’échantillon IS chez les patients% avec VSP et% avec SP P =; et M pneumoniae a été détecté dans l’échantillon IS chez les patients% avec VSP et% avec SP P = Il n’y avait pas de différences significatives entre les patients atteints de SP et ceux avec VSP pour toutes les autres combinaisons spécimen-virus Supplémentaire Tableaux C-E PCR,% avait & lt; cellules épithéliales par champ de faible puissance, c’est-à-dire de bonne qualité pour l’évaluation de l’infection virale; La qualité de l’échantillon n’était pas associée à la détection de pathogènes. Tableau supplémentaire C La statistique κ comparant les résultats de PCR à partir de spécimens de NPS, OPS et IS allait de – pour la grippe C à la table A du RSV

Tableau PCR multiplex des échantillons respiratoires dans les cas âgés – mois avec pneumonie sévère ou très sévère κ Spécimens statistiques pathogènes IS n = NPS Spécimens n = OPS Spécimens n = -Way Comparaison n = NPS vs IS Spécimens n = NPS vs OPS Spécimens n = Non % Non% Non% VRS A VRS B Adénovirus Rhinovirus Parainfluenza – Parainfluenza Parainfluenza Parainfluenza Influenza A Grippe B Grippe C – – – Coronavirus E Coronavirus OC Coronavirus NL – HMPV Mycoplasma pneumoniae – Tout virus … … … κ Agent pathogène statistique IS Spécimens n = NPS Spécimens n = OPS Spécimens n = -Way Comparaison n = NPS vs IS Spécimens n = NPS vs OPS Spécimens n = Non% Non% Non% VRS A VRS B Adénovirus Rhinovirus Parainfluenza – Parainfluenza Parainfluenza Parainfluenza Influenza A Grippe B Grippe C – – – Coronavirus E Coronavirus OC Coronavirus NL – HMPV Mycoplasma pneumoniae – Tout virus … … … Abréviations: HMPV, métapneumovirus humain; IS, crachats induits; NPS, écouvillon nasopharyngé; OPS, écouvillon oropharyngé; PCR, amplification en chaîne par polymérase; VRS, virus syncytial respiratoireVue Large Les virus respiratoires ont été détectés avec PCR de spécimens de NPS dans les témoins%; dans ceux sans virus URTI, ils ont été détectés dans% et dans ceux avec URTI, ils ont été détectés dans% Sauf pour RSV, la détection de virus n’a pas été associée à l’admission avec SP ou Table VSP

Tableau de détection des pathogènes respiratoires par PCR multiplex des échantillons d’écouvillonnages nasopharyngés chez les patients âgés de plusieurs mois avec pneumonie sévère ou très sévère et chez les contrôles contrôles sans URTI n = témoins avec URTI n = tous les témoins n = cas n = aOR pour les patients comparés Contrôles sans URTI aOR pour les patients comparés à tous les contrôles Agent pathogène Non% Non% Non% Non% aOR% CI aOR% CI RSV A – – VRS B ∞ & lt; a – Adénovirus – – Rhinovirus – – Parainfluenza – – Parainfluenza – – Parainfluenza – – Parainfluenza – – Grippe A – – Grippe B ∞ a ∞ a Grippe C ∞ a – Coronavirus E – – Coronavirus OC – – Coronavirus NL ∞ a – HMPV – – Mycoplasma pneumoniae – – Tout pathogène … … … … Tout virus … … … … Contrôles sans URTI n = Contrôles avec URTI n = Tous les contrôles n = Patients n = aOR pour les patients par rapport aux contrôles sans URTI aOR pour les patients comparés à tous les contrôles Agent pathogène Non% Non% Non% Non% aOR% CI aOR% CI RSV A – – RSV B ∞ & lt; a – Adénovirus – – Rhinovirus – – Parainfluenza – – Parainfluenza – – Parainfluenza – – Parainfluenza – – Grippe A – – Grippe B ∞ a ∞ a Grippe C ∞ a – Coronavirus E – Coronavirus OC – – Coronavirus NL ∞ a – HMPV – – Mycoplasma pneumoniae – – Tout agent pathogène … … … … Tout virus … … … … Les valeurs en gras indiquent des différences significatives au P & lt; niveau; ∞ indique OR égal à infinityAbbreviations: aOR, odds ratio ajusté OU ajusté pour l’âge et la saison; CI, intervalle de confiance; HMPV, métapneumovirus humain; PCR, amplification en chaîne par polymérase; VRS, virus respiratoire syncytial; URTI, infection des voies respiratoires supérieures valeur du patient pour les cas vs témoins Test de t exact de FisherVoir grandLa classification de l’étiologie de la pneumonie variait en fonction de l’algorithme utilisé et de la prise en compte des résultats du contrôle de cas. Figure, il est évident que la culture de l’IS a augmenté la proportion de patients classés comme ayant une pneumonie bactérienne. L’inclusion de résultats de PCR multiplex dans les spécimens IS Figure, rangée déplacé la classification étiologique à une prédominance virale, comme l’inclusion de résultats de PCR multiplex dans Spécimens de NPS Figure, rang Parmi les cas chez lesquels tous les spécimens excluant les spécimens de sérum ont été collectés, les bactéries ont été identifiées en%, les virus en%, l’infection bactérienne virale mixte en% et aucun agent pathogène en%; L’étiologie était inconnue chez tous les patients décédés dans ce sous-groupe Figure, colonne B, rangée Les coïncidences ont été détectées chez les patients% dans lesquels tous les échantillons excluant les échantillons sériques ont été collectés: coïnfections chez les patients%, en%, en et Parmi tous les virus testés, l’étude cas-témoin a fourni des preuves d’étiologie de la pneumonie pour le VRS seul. Considérant que le VRS était le seul virus inclus dans l’évaluation étiologique, l’étiologie de la pneumonie était bactérienne en%, virale en% en%, et inconnu en% Figure, colonne C, ligne

Figure View largeTélécharger diapositiveEtologie de la pneumonie chez les enfants âgés de – mois hospitalisés avec pneumonie sévère ou très sévère, déterminée en utilisant divers algorithmes de prélèvement, avec et sans ajustement pour l’analyse cas-contrôle A, étiologie chez les patients qui avaient ≥ des échantillons dans le algorithme collecté B, étiologie parmi les patients cas qui avaient tous les spécimens dans l’algorithme recueillis C, étiologie parmi les patients cas qui avaient tous les spécimens dans l’algorithme recueilli, avec ajustement pour les résultats de l’analyse cas-contrôle Le nombre de cas patients L’étiologie de la pneumonie chez les enfants âgés de – mois hospitalisés avec une pneumonie sévère ou très sévère, déterminée à l’aide de divers algorithmes de prélèvement, avec et sans ajustement pour l’analyse cas-témoins A, l’étiologie chez les patients qui avait ≥ des spécimens dans l’algorithme collecté B, Étiologie patients atteints de césarienne ayant tous les échantillons inclus dans l’algorithme C, Etiologie chez les patients dont tous les échantillons de l’algorithme étaient collectés, avec ajustement des résultats de l’analyse cas-témoins Le nombre de cas inclus dans chaque analyse est montré sous la barre

DISCUSSION

La relation entre la preuve sérologique de l’infection et la détection par PCR des agents pathogènes respiratoires a été limitée par le faible nombre de cas avec un échantillonnage complet. Parmi les cas détectés sérologiquement d’adénovirus ou de M pneumoniae, aucun n’a été détecté par PCR; La mauvaise corrélation peut être liée à une variété de facteurs, y compris les mauvaises réponses immunitaires à certaines infections chez les jeunes enfants ou le temps insuffisant écoulé entre l’échantillonnage aigu et convalescent. Cela pourrait être approfondi en réévaluant la corrélation à l’aide des résultats de la PCR quantitative. Pour l’analyse finale de PERCH, il peut être nécessaire de traiter les tests sérologiques comme un test de dépistage de la SP ou de la PSV. Test diagnostique spécifique mais pas très sensibleSeulement la moitié des enfants éligibles SP ou PSV décédés pendant leur hospitalisation ont participé à l’étude; ceci est remarquable parce qu’il peut biaiser l’interprétation étiologique des cas mortels et parce que ce sont les enfants chez qui il est essentiel de comprendre l’étiologie de la pneumonie si nous voulons prendre des mesures concrètes pour réduire la mortalité. les parents d’enfants gravement malades; à tout le moins, des mesures sont nécessaires pour que les enquêteurs soient formés aux méthodes d’approche de ces personnes. Cette étude présente plusieurs limites. Une méthode d’échantillonnage par étapes a été utilisée à mesure que la capacité clinique de collecte des échantillons et de laboratoire augmentait. étiologie montrée dans la figure ne doit pas être considérée comme une étude définitive de l’étiologie à Kilifi, parce que l’algorithme d’échantillonnage complet n’a pas été mis en œuvre avant le deuxième trimestre de l’année et l’échantillonnage complet n’était disponible que dans un tiers des cas illustrent la variabilité potentielle de l’étiologie en fonction des méthodes d’échantillonnage utilisées. Les études d’aspiration pulmonaire et postmortem n’ont pas été réalisées. L’analyse cas-témoin s’est limitée à une comparaison des résultats des échantillons NPS et des tests sérologiques; Nous n’avons pas pu recueillir d’informations sur la durée des symptômes chez les patients et les témoins, et il est possible que la forte prévalence de la détection virale chez les témoins soit liée à la maladie. Parmi les patients atteints de PSV,% présentaient une parasitémie palustre et plus d’un tiers n’ont pas reçu de diagnostic de pneumonie au moment de la sortie. Ce n’est pas surprenant, étant donné que la définition de cas de l’Organisation mondiale de la Santé est délibérément non spécifique. être sensible En milieu hospitalier, la spécificité de la définition de cas pour SP et VSP pourrait probablement être améliorée par l’utilisation de la radiographie thoracique, qui sera une composante de l’étude PERCH. Cette étude pilote illustre comment ajouter des échantillons et des dosages à l’algorithme d’échantillonnage augmente la détection des pathogènes potentiels et l’impact de l’ajustement de l’évaluation de l’étiol Les résultats d’une analyse cas-témoins Malgré des tests assez complets, l’étiologie de la pneumonie reste inconnue chez un quart des patients. Dans certains cas, le diagnostic peut ne pas être une pneumonie et pour d’autres, des tests plus approfondis peuvent être nécessaires. Les expériences et les résultats de l’étude pilote ont été utilisés pour concevoir l’étude PERCH Bien que les études d’aspiration pulmonaire et postmortem n’aient pas été réalisées dans notre pilote, elles sont essentielles pour mieux comprendre l’étiologie de la pneumonie et la pneumonie mortelle chez les enfants. L’étude PERCH incorporera ces procédures dans des sites sélectionnés L’étude pilote a révélé que la collecte de spécimens IS était acceptée par les parents, bien tolérée, utilisable dans un environnement rural en développement et fournissait des informations de diagnostic utiles; Bien que les tests sérologiques infectieux soient utilisés avec une fréquence décroissante à l’ère moléculaire, ce type de test fournit des informations étiologiques et peut être utile pour interpréter les associations entre la détection d’un agent pathogène dans l’URT et pneumonie Si nécessaire, des visites à domicile seront effectuées pour augmenter la collecte des échantillons de sérum convalescents. La communauté a accepté le recrutement et l’échantillonnage des contrôles Pour PERCH, les échantillons des contrôles seront élargis pour inclure les échantillons OPS, sanguins et urinaires en plus des échantillons NPS, Pour maximiser la capacité de détecter les associations entre la détection de pathogènes et l’hospitalisation avec pneumonie En utilisant une approche globale, l’étude PERCH sera bien placée pour fournir des informations définitives sur l’étiologie de SP et PSV chez les enfants dans le monde en développement

Remarques

Remerciements

Nous remercions sincèrement les patients et les familles qui ont participé à cette étude et le personnel des sites d’étude au Kenya et des Canterbury Health Laboratories de Christchurch, en Nouvelle-Zélande, pour leur dévouement et leur travail acharné dans la collecte et le traitement des échantillons diagnostiques.

Aide financière

Ce travail a été soutenu par une subvention de The Bill & amp; Fondation Melinda Gates au Centre international d’accès aux vaccins, Département de la santé internationale, École de santé publique Johns Hopkins Bloomberg; les bourses du Wellcome Trust of Great Britain à J A G S et à A J B et une subvention de programme à D J N pour le travail de PCR multiplex virale Cet article est publié avec l’autorisation du directeur de KEMRI

Supplément de parrainage

Cet article a été publié dans le cadre d’un supplément intitulé «Pneumonia Etiology Research for Child Health», parrainé par une subvention de The Bill & amp; Fondation Melinda Gates au projet PERCH de l’école de santé publique Johns Hopkins Bloomberg, Baltimore, Maryland

Conflits d’intérêts potentiels

Tous les auteurs: Aucun conflit rapporté Tous les auteurs ont soumis le formulaire ICMJE pour la divulgation des conflits d’intérêts potentiels Conflits que les éditeurs considèrent pertinents pour le contenu du manuscrit ont été divulgués

Sylvie

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