Méthodes de laboratoire pour déterminer l’étiologie de la pneumonie chez les enfants

Méthodes de laboratoire pour déterminer l’étiologie de la pneumonie chez les enfants

Les diagnostics de laboratoire sont une composante essentielle de toute étude d’étiologie de pneumonie. Les progrès récents de la technologie diagnostique ont introduit de nouvelles méthodes qui ont grandement amélioré la capacité d’identifier les pathogènes respiratoires. Cependant, déterminer l’étiologie microbienne de la pneumonie reste un défi. l’utilisation incohérente des essais entre les études, les difficultés dans la collecte des échantillons et les problèmes d’interprétation de la présence de pathogènes comme étant causalement liés à la pneumonie. La stratégie de test de laboratoire pour l’étude PERCH. tests diagnostiques qui seront standardisés sur les sites participants Nous décrivons l’état actuel des diagnostics de laboratoire pour la pneumonie et l’approche PERCH pour le test des échantillons Les diagnostics pneumatiques évoluent et PERCH a également pour priorité de collecter et d’archiver les spécimens pour des tests futurs prometteurs. ré Méthodes diagnostiques en cours de développement

En développant la stratégie de test microbien pour l’étude PERCH, nous avons cherché à intégrer des diagnostics traditionnels et de pointe pour cibler un large éventail de pathogènes reconnus et supposés. , y compris les bactéries, les virus, les mycobactéries et les champignons. L’objectif était de réaliser autant de tests que possible sur chacun des sites d’étude et de déployer des efforts considérables pour assurer la normalisation des méthodes d’essai sur le site dystrophie. appliquer des méthodes de test pour potentiellement identifier des rôles précédemment non reconnus pour les agents pathogènes connus Les diagnostics de pneumonie évoluent, et PERCH a pour priorité de collecter et d’archiver des échantillons qui pourraient être testés avec des méthodes de diagnostic prometteuses actuellement en cours de développement. les défis à relever pour atteindre ces objectifs f Stratégie de test diagnostique PERCH Nous examinons d’abord l’état des diagnostics de laboratoire pour déterminer l’étiologie de la pneumonie, en mettant l’accent sur la pneumonie infantile et la complexité de l’attribution de la causalité. dans l’élaboration de l’approche finale, en tenant compte des contraintes logistiques, techniques et financières

MÉTHODES DE TEST DE DIAGNOSTIC EN LABORATOIRE POUR PNEUMONIA

L’évaluation systématique des patients pneumoniques en laboratoire continue de reposer sur des méthodes utilisées depuis des décennies: microscopie et culture des échantillons des voies respiratoires, hémocultures, détection d’antigènes dans les échantillons urinaires et respiratoires et détection d’anticorps spécifiques dans la sérologie sanguine. Des méthodes de détection d’acide nucléique, telles que la PCR en chaîne par polymérase, ont été disponibles pour & gt; décennies et sont maintenant des outils établis dans les laboratoires de diagnostic de niveau tertiaire

Méthodes d’analyse diagnostique pour déterminer la pneumonie Étiologie Méthode d’essai Types d’échantillons Culture bactérienne Sang, expectoration, liquide pleural, aspirats pulmonaires, spécimens bronchoscopiques Culture mycobactérienne Sang, crachats, liquide pleural, aspirats pulmonaires, échantillons bronchoscopiques, aspirats gastriques Culture virale Spécimens nasopharyngés, spécimens oropharyngés Prélèvements d’antigènes, échantillons pulmonaires, échantillons bronchoscopiques Détection d’antigènes Spécimens nasopharyngés, échantillons oropharyngés, urine, liquide pleural Détection d’anticorps Sérum Détection d’acide nucléique p.ex., réaction en chaîne par polymérase Spécimens nasopharyngés, échantillons oropharyngés, expectorations, aspirats pulmonaires, liquide pleural, échantillons bronchoscopiques, analyses de sang Méthode Types d’échantillons Culture bactérienne Sang, crachats, liquide pleural, aspirats pulmonaires, spécimens bronchoscopiques Culture mycobactérienne Sang, crachats, liquide pleural, aspirats pulmonaires, échantillons bronchoscopiques, aspirats gastriques Culture virale Spécimens nasopharyngés, oropharynge Détection d’antigène Spécimens nasopharyngés, échantillons oropharyngés, urine, liquide pleural Détection d’anticorps Sérum Détection d’acide nucléique par exemple, réaction en chaîne de la polymérase Spécimens nasopharyngés, spécimens oropharyngés, expectorations, aspirats pulmonaires, liquide pleural, échantillons bronchoscopiques, sang View Large

Microscopie et culture

La microscopie et la culture des expectorations ou d’autres échantillons des voies respiratoires inférieures, par exemple le liquide de lavage broncho-alvéolaire et les hémocultures, ont toujours été les principaux outils diagnostiques permettant d’identifier l’étiologie microbienne de la pneumonie. ou à partir d’un site normalement stérile, par exemple, le sang fournit de bonnes preuves de micro-organismes pathogènes probables sont généralement cultivés sur des milieux microbiologiques standard, tels que la combinaison de sang, de chocolat et de géloses MacConkey, qui isoleront les pathogènes bactériens les plus courants. les milieux spéciaux, par exemple les espèces de Legionella; par exemple, Chlamydophila pneumoniae, ou ne peut pas être facilement cultivé dans un laboratoire de diagnostic, par exemple, Mycoplasma pneumoniaeLe processus de collecte d’échantillons a un impact énorme sur la microscopie et les résultats de la culture et leur interprétation. par les sécrétions respiratoires supérieures pendant le processus de collecte, ou le spécimen recueilli peut comprendre principalement des sécrétions des voies respiratoires supérieures Ceci est particulièrement vrai pour les expectorations expectorées et induites, et il peut mener à la conclusion incorrecte qu’un colonisateur des voies aériennes supérieures est un pathogène de la pneumonie. Par conséquent, les échantillons d’expectorations doivent être vérifiés avant d’être traités, confirmant qu’ils ont été prélevés dans les voies respiratoires inférieures. Ceci implique généralement d’évaluer le nombre de cellules épithéliales squameuses et de PMN de cellules polymorphonucléaires dans un frottis de coloration de Gram de l’échantillon. ; SECs et & gt; Les PMN par grossissement de champ de faible puissance, × ou ≥ leucocytes pour chaque SEC , sont considérés comme étant indicatifs d’un échantillon de crachats expectorés de haute qualité chez les adultes Sputa, qui contiennent un nombre relativement faible de PMN et un nombre élevé de SEC sont susceptibles de représenter une contamination oropharyngée Malgré le débat actuel sur l’utilité de l’expectoration, il existe des preuves qu’un examen rapide d’un échantillon d’expectorations de haute qualité prélevé avant un traitement antibiotique a une sensibilité et une spécificité relativement élevées pour la pneumonie pneumococcique chez les adultes. L’application de ces critères aux échantillons d’expectorations, y compris les expectorations induites chez les enfants, est encore indéterminée. La microscopie par immunofluorescence directe et l’isolement en cultures cellulaires ont été l’approche diagnostique standard pour la détection des pathogènes viraux dans les échantillons respiratoires. metho de détection d’acide nucléique rapide et / ou moins laborieuse La détection rapide de l’infection à Pneumocystis jirovecii repose toujours sur la microscopie des échantillons des voies respiratoires à l’aide de colorations spéciales Les hémocultures sont un outil diagnostique important pour la pneumonie, mais seulement une minorité de pneumonies ont des infections sanguines documentées. pneumonie acquise,% -% des adultes et% -% des enfants ont une bactériémie documentée, avec une prévalence plus élevée chez les personnes ayant une maladie plus grave

Détection d’antigène

Les tests de détection des antigènes microbiens dans les fluides corporels sont utilisés depuis longtemps pour le diagnostic des infections respiratoires, et ces méthodes sont les outils de diagnostic les plus faciles à utiliser en tant que tests sur le lieu de soins. antigènes appropriés présents en quantités détectables dans les échantillons cliniques A ce jour, les tests commerciaux n’ont été développés que pour une gamme limitée de pathogènes, en particulier la détection de pathogènes bactériens dans l’urine et la détection de virus dans les échantillons respiratoires. Streptococcus pneumoniae et Legionella pneumophila sont les plus développés Un test immunochromatographique qui détecte l’antigène de la paroi cellulaire C-polysaccharide dans l’urine BinaxNOW a été une avancée importante dans le diagnostic de la maladie pneumococcique Ce test a une sensibilité de% -% et une spécificité de & g% comparé aux méthodes de diagnostic conventionnelles pour la détection de Malheureusement, le test BinaxNOW ne peut être utilisé de manière fiable chez les enfants car il détecte également le portage du pneumocoque. Dans plusieurs études de pays développés et en développement,% -% d’enfants en bonne santé qui ont été portés pneumococciques ont des résultats positifs BinaxNOW Récemment, le test BinaxNOW s’est avéré utile pour détecter rapidement S pneumoniae dans le liquide pleural et pour améliorer la sensibilité des hémocultures pour S pneumoniae , bien que cette dernière application n’ait pas été entièrement validéeDetection de l’antigène soluble de Legionella dans l’urine est un outil établi et précieux pour le diagnostic de la maladie du légionnaire, bien que les tests commerciaux actuels ne puissent détecter de manière fiable l’infection causée par L pneumophila sérogroupe Certains tests prétendent détecter d’autres légionelles , bien que la performance soit sous-optimale. les sécrétions est devenu un outil de diagnostic important , avec tests de diagnostic rapides commerciaux largement utilisés pour la détection de virus grippaux ou syncytial respiratoire RSV directement dans les échantillons respiratoires La sensibilité des tests rapides pour la détection de la grippe saisonnière dans les échantillons cliniques varie considérablement, allant de% à% selon le type de virus ou Sous-type, moment du prélèvement des échantillons, type d’échantillon, âge du patient et comparateur Spécificité pour la grippe:% -% Les tests rapides de diagnostic commercial RSV ont des sensibilités% -% et spécificités% -% par rapport à la culture

Détection d’acide nucléique

Les tests de détection des acides nucléiques, tels que la PCR, présentent de nombreuses caractéristiques qui en font des outils attractifs pour diagnostiquer l’étiologie des infections des voies respiratoires. Ces tests permettent de détecter de très faibles niveaux d’acide nucléique provenant potentiellement de tous les pathogènes respiratoires. le microbe cible peut fournir des résultats dans un délai cliniquement pertinent, sont probablement moins affectés par l’administration antérieure d’antibiotiques que les méthodes basées sur la culture, et ont le potentiel de fournir des informations supplémentaires telles que la présence de gènes de résistance aux antibiotiques. Particulièrement utile pour diagnostiquer des infections difficiles ou impossibles à diagnostiquer rapidement par d’autres méthodes Bien que les tests de détection des acides nucléiques aient été largement utilisés pour le diagnostic des infections des voies respiratoires, ces tests ont récemment permis de comprendre le rôle des voies respiratoires. virus, Legionella s Les tests de détection des acides nucléiques peuvent également être utilisés pour déterminer l’étiologie microbienne de la pneumonie Le développement récent d’un traitement intégré des échantillons et d’un test d’amplification de l’acide nucléique pour Mycobacterium tuberculosis et la résistance à la rifampicine améliorer considérablement le diagnostic de la tuberculose pulmonaire Un problème inhérent à tous les tests de détection des acides nucléiques, qui sont susceptibles d’avoir une sensibilité clinique plus élevée que la plupart des outils de diagnostic traditionnels, est l’absence d’un étalon-or approprié. le résultat du test ne peut pas nécessairement être rejeté comme étant faussement positif simplement parce qu’un test de comparaison moins sensible est négatif. Très haute sensibilité analytique limite inférieure de détection; la plus petite quantité de cible pouvant être détectée avec précision par le test est souvent utilisée pour promouvoir les tests de détection des acides nucléiques, bien qu’une sensibilité analytique élevée ne garantisse pas une sensibilité clinique élevée la proportion d’échantillons de patients positifs positifs correctement identifiés par le test Bien qu’il soit souhaitable pour un test d’avoir une haute sensibilité analytique, la pertinence biologique et diagnostique au-delà d’un certain niveau peut être minime

Détection d’anticorps

Cependant, en raison de la nécessité dans la plupart des cas de tester des sérums aigus et convalescents recueillis à plusieurs semaines d’intervalle pour documenter une augmentation de ≥1 fois des titres d’anticorps réciproques, ces dosages ont En outre, la plupart des tests sérologiques pour les agents pathogènes respiratoires ont une sensibilité et une spécificité suboptimales. Chez les nourrissons, la hausse des anticorps spécifiques des agents pathogènes peut être masquée ou supprimée. Par la présence d’anticorps maternels Pour un petit nombre d’infections respiratoires, comme l’infection à M pneumoniae, la détection des anticorps reste un outil diagnostique important tandis que des méthodes alternatives améliorées sont développées. Malgré leur utilisation limitée dans la prise en charge de la pneumonie, les techniques sérologiques continuent à jouer un rôle utile. dans les études d’étiologie Par exemple, dans l’étude sur la pneumonie chez l’adulte, les cas de pneumonie virale ont été diagnostiqués par sérologie seule La sérologie peut être particulièrement utile pour le diagnostic viral respiratoire. En outre, la collecte de sérums aigus et convalescents peut être utile dans les efforts de découverte de nouveaux agents pathogènes, car la démonstration de la séroconversion à un agent pathogène de la pneumonie présuppose la prise en charge de pneumonies bactériennes secondaires. le cas de sa pathogénicité

Développements en cours

La plupart des travaux de développement sur le diagnostic des pathogènes respiratoires ont porté sur l’amélioration des méthodes existantes, en particulier les tests de détection des antigènes et des acides nucléiques. Des formats plus conviviaux qui minimisent le nombre d’étapes manuelles sont disponibles sur le marché. tests de détection Jusqu’à récemment, les tests de détection des acides nucléiques n’étaient disponibles que sous forme de tests internes. Il existe maintenant plusieurs tests multiplex disponibles dans le commerce qui permettent de détecter simultanément les agents pathogènes respiratoires les plus reconnus . Des études cliniques supplémentaires sont nécessaires pour établir leur utilité pour tous les agents pathogènes dans le contexte de la pneumonie. Le rôle de la PCR quantitative doit être clarifié, car un seuil de signification clinique peut aider à différencier le portage et la maladie. URTI et la pneumonie Nouvelles approches pour respi La respiration alvéolaire contient de nombreux biomarqueurs dérivés du sang par diffusion passive à travers la membrane alvéolaire , et l’alcootest est non invasif, facilement reproductible et nécessite un minimum de travail. L’utilisation de l’analyse respiratoire pour l’investigation des infections respiratoires n’a pas encore été évaluée de manière approfondie Des biomarqueurs potentiels ont été rapportés pour certains pathogènes respiratoires, y compris Aspergillus fumigatus et M tuberculosis , mais on ne sait pas encore s’ils être utiles comme outils de diagnostic clinique pour déterminer l’étiologie de la pneumonie

DIFFICULTÉS ATTRIBUANT LA CAUSATION DE PNEUMONIE

Malgré la disponibilité de toute une gamme de méthodes diagnostiques et de progrès technologiques récents, l’interprétation des tests diagnostiques pour déterminer l’étiologie de la pneumonie reste difficile . La simple détection d’un pathogène dans les voies respiratoires supérieures ou inférieures d’un patient atteint de pneumonie Cela signifie que la pneumonie est une cause importante de pneumonie. Par conséquent, la distinction entre la colonisation et l’infection est un défi majeur lorsque ces organismes sont détectés dans les échantillons d’expectoration. Le frottis de coloration de Gram peut aider à cet égard en évaluant la contamination des voies respiratoires supérieures, en particulier si elle est corrélée avec les résultats des cultures d’expectoration, mais nécessite une interprétation prudente. Tous les principaux virus responsables de pneumonie sont plus communément associés à l’URTI non pulmonaire. , et l’excrétion du virus peut survenir pendant une longue période du temps après la disparition des symptômes Certaines URTI virales surviennent en même temps que la pneumonie, y compris la pneumonie virale primaire immédiatement causale, dans la voie causale, par exemple la grippe URTI suivie d’une pneumonie pneumococcique, ou accidentelle. En conséquence, les études d’étiologie de la pneumonie qui testent les virus dans les échantillons nasopharyngés doivent utiliser des groupes de contrôle pour évaluer la probabilité de résultats faussement positifs. En outre, l’utilisation de méthodes quantitatives telles que: la PCR quantitative peut fournir la preuve qu’un organisme particulier provoque une pneumonie, par exemple, en démontrant une charge microbienne plus élevée dans les échantillons inférieurs par rapport aux échantillons des voies respiratoires supérieures, ou dans des cas comparés aux contrôles. le patient peut également présenter des problèmes avec assignation cau la salinité Qui est le véritable agent pathogène, ou qui ont tous un rôle dans la pathogenèse de la pneumonie? Cette situation est plus susceptible de se produire avec l’utilisation de plusieurs méthodes de test sensibles et de tests de PCR multiplex.

STRATÉGIE DE TEST DE LABORATOIRE POUR L’ÉTUDE PERCH

La stratégie de test en laboratoire pour le projet PERCH est présentée dans le tableau Cette stratégie a été élaborée après un processus d’examen approfondi qui a impliqué une consultation avec le groupe de travail sur les méthodes de pneumonie et les enquêteurs du site.

Tableau Stratégie de test en laboratoire pour les cas et les contrôles dans le projet PERCH Type d’échantillon Méthodes d’essai Pathogènes cibles Sang total Cultures bactériennes Uniplex PCR Streptococcus pneumoniae Sérum Détection des anticorps Pathogènes respiratoires sélectionnés Bioessai antibiotique N / A Ecouvillons naso-pharyngiens et oropharyngés Multiplex PCR Bactéries, virus et pneumocystis jirovecii Écouvillon nasopharyngé Culture S pneumoniae Sputuma induit Microscopie / culture, PCR multiplex, culture mycobactérienne Bactéries, mycobactéries, virus et P jirovecii Aspiration pulmonaire Microscopie / culture, PCR multiplexe, culture mycobactérienne Bactéries, mycobactéries, virus et P jirovecii Pleural fluida Microscopie / culture, détection antigénique, PCR multiplex, culture mycobactérienne Bactéries, mycobactéries, virus et P jirovecii Postmortem lung tissuea Microscopie / culture, PCR multiplex, culture mycobactérienne Bactéries, mycobactéries, virus et P jirovecii Aspirat gastrique Mycobactéries l culture si aucune expectoration induite obtenue Mycobactéries Urine Bioanalyse antibiotique N / A Type d’échantillon Méthodes d’essai Pathogènes ciblés Sang total Culturea Bactéries Uniplex PCR Streptococcus pneumoniae Sérum Détection d’anticorps Pathogènes respiratoires sélectionnés Bioessai antibiotique N / A Ecouvillons combinés nasopharyngés et oropharyngés Multiplex PCR Bactéries, virus, et Pneumocystis jirovecii Écouvillon nasopharyngé Culture S pneumoniae Sputumium induit Microscopie / culture, PCR multiplexe, culture mycobactérienne Bactéries, mycobactéries, virus et P jirovecii Aspiration pulmonaire Microscopie / culture, PCR multiplexe, culture mycobactérienne Bactéries, mycobactéries, virus et P jirovecii Pleural fluida Microscopie / culture, détection antigénique, PCR multiplex, culture mycobactérienne Bactéries, mycobactéries, virus et P jirovecii Postmortem lung tissuea Microscopie / culture, PCR multiplex, culture mycobactérienne Bactéries, mycobactéries, virus, et P jirovecii Aspiration gastrique My culture bactérienne si aucune expectoration induite n’a été obtenue Mycobactéries Urine Biotester antibiotique N / A Abréviations: N / A, non applicable; PCR, amplification en chaîne par polymérase; PERCH, Recherche sur l’étiologie de la pneumonie pour l’étude de la santé des enfants

Microscopie / Culture

Des méthodes microbiologiques standard seront utilisées pour cultiver le sang, les expectorations induites, le liquide pleural, les ponctions pulmonaires et les tissus postmortem. Les cultures sanguines seront traitées sur des systèmes d’hémoculture automatisés avec des flacons incubés pendant au moins jours, à moins d’être positifs. avec interprétation, les échantillons d’expectoration induite seront examinés par une évaluation microscopique du nombre de PMN et de SEC. Cependant, nous ne rejetterons pas les échantillons sur cette base car aucune méthode de dépistage n’a été rigoureusement évaluée chez les enfants atteints de pneumonie. Les tests de sensibilité aux antimicrobiens seront effectués sur des isolats bactériens cliniquement pertinents selon les directives de l’Institut de normalisation clinique et de laboratoire Bien que la culture de S pneumoniae du nasopharynx puisse représenter un transport accidentel, certains sérotypes pneumococciques, par exemple le sérotype, sont fortement associés à inv En outre, la valeur prédictive négative des échantillons rhinopharyngés de S pneumoniae peut également être élevée et permettre des inférences sur des étiologies improbables. La culture quantitative pneumococcique du nasopharynx est susceptible de servir Pour ces raisons, des écouvillonnages nasopharyngés seront recueillis pour l’isolement de S pneumoniae en utilisant des méthodes établies Les échantillons nasopharyngés seront stockés pour être utilisés à l’avenir pour des analyses quantitatives, moléculaires, Le rôle de M tuberculosis et des mycobactéries non tuberculeuses dans la pneumonie infantile sévère a été identifié comme une priorité de PERCH. Par conséquent, la stratégie de test a été conçue pour une sensibilité maximale plutôt qu’une rapidité maximale de diagnostic. Notre approche est basée sur la microscopie standard méthodes de culture pour la détection et le test de sensibilité aux antimicrobiens des mycobactéries dans les crachats induits, les aspirats pulmonaires, le liquide pleural, les aspirats gastriques et les tissus pulmonaires post-mortem

Détection d’acide nucléique

Un élément central de la stratégie de test PERCH est de déployer un test PCR multiplex pour tester tous les échantillons respiratoires pour les principaux pathogènes reconnus de la pneumonie. L’utilisation de la PCR est la plus importante des avancées récentes dans le diagnostic de pneumonie. les efforts ont porté sur le choix du test PERCH décrit ailleurs , en mettant l’accent sur un test qui pourrait être déployé sur chaque site d’étude. En fin de compte, un test PCR multiplex en temps réel ciblant une vaste gamme de pathogènes potentiels sera effectué. utilisé pour tester tous les crachats induits, les écouvillonnages nasopharyngiens / oropharyngiens combinés, les aspirats pulmonaires, le liquide pleural et les tissus pulmonaires postmortem. De plus, des étalons de concentration connue seront fournis pour fournir des données quantitatives pour tous les agents pathogènes détectés. croient que ces données quantitatives peuvent aider à fournir des preuves de causalité en distinguant colonizat l’ion de l’infection

Tableau Pathogènes Cibles pour le PERCH Multiplex Polymérase Réaction en chaîne Assay ARN Cibles Cibles ADN Virus Influenza A, B et C Adénovirus Virus respiratoire syncytial A et B Bocavirus Virus Parainfluenza – Cytomegalovirus Rhinovirus Streptococcus pneumoniae Entérovirus Haemophilus influenzae toutes souches Coronavirus OC, E, NL, HKU H influenzae type b Métapneumovirus humain Staphylococcus aureus Parechovirus Mycoplasma pneumoniae Espèces de Legionella Chlamydophila pneumoniae Moraxella catarrhalis Espèces de Klebsiella Espèces de Salmonella Bordetella pertussis Pneumocystis jirovecii ARN Cibles ADN Cibles Virus de la grippe A, B et C Adénovirus Virus respiratoire syncytial A et B Bocavirus Virus parainfluenza – Cytomegalovirus Rhinovirus Streptococcus pneumoniae Entérovirus Haemophilus influenzae toutes les souches Coronavirus OC, E, NL, HKU H influenzae type b Métapneumovirus humain Staphylococcus aureus Parechovirus Mycoplasma pneumoniae Espèces de Legionella Chlamydophila pneumoniae Moraxella catarrhalis Espèces de Klebsiella Espèces de Salmonella Bordetella pertussis Pneumocystis jirovecii Abréviation: PERCH, Pneumonia Etiology Recherche pour l’étude de la santé infantileView Large des échantillons de sang par PCR a fourni des résultats incohérents dans des études antérieures sur la pneumonie Cependant, des études récentes indiquent S pneumoniae dans le sang par PCR peut être un complément utile à d’autres méthodes de diagnostic des pneumococcies invasives Par conséquent, le test PCR du sang dans PERCH est limité à S pneumoniae seul comme test uniplex. Le gène lytA sera utilisé à cette fin. Le test de spécimens sanguins pour d’autres agents pathogènes de la pneumonie par PCR peut être envisagé ultérieurement. La décision d’utiliser également des méthodes de diagnostic moléculaire pour détecter les mycobactéries a été différée en attendant des tests plus pertinents. ective de l’étude; les échantillons archivés seront disponibles pour des tests

Sérologie

Des sérums aigus et convalescents seront prélevés dans tous les cas. Compte tenu du volume limité de sérum qui sera prélevé chez chaque enfant, la décision concernant les tests spécifiques à effectuer sera différée

Détection d’antigène

À l’heure actuelle, peu de tests de détection des antigènes ont des rôles établis dans le contexte de la pneumonie infantile. Pour PERCH, l’utilisation sera initialement limitée au test BinaxNOW pour détecter S pneumoniae dans le liquide pleural et dans les hémocultures qui sont positives mais négatives. l’urine par le test BinaxNOW ne sera pas effectuée en raison de préoccupations au sujet des résultats faussement positifs dus au portage du pneumocoque chez les enfants. Les tests de détection de l’antigène urinaire Legionella seront également différés; ceci sera examiné sur la base des résultats positifs de Legionella provenant du test PCR multiplex des échantillons respiratoires. Il est également prévu que les échantillons archivés de PERCH seront utilisés pour évaluer les nouveaux tests prometteurs de détection des antigènes.

Bio-essai antibiotique

Comme discuté en détail ailleurs , les échantillons sériques et urinaires seront testés par un bio-essai standard pour l’activité antibiotique, fournissant ainsi une évaluation objective de l’utilisation préhospitalière des antibiotiques. Ces données seront utilisées conjointement avec d’autres données de laboratoire, notamment pour évaluer tout impact potentiel. des antibiotiques sur les résultats de la culture

Spécimens de contrôle

L’analyse de spécimens provenant de sujets témoins aidera à interpréter certains résultats de tests, en particulier les tests PCR des échantillons des voies respiratoires supérieures. Les échantillons à prélever et les tests à effectuer sont énumérés dans le tableau Sérum. Paramètres sérologiques spécifiques La positivité pour les pathogènes spécifiques chez les sujets atteints de pneumonie et chez les sujets témoins sera incorporée dans la modélisation statistique de l’étiologie de la pneumonie. Les échantillons des voies respiratoires supérieures des sujets témoins aideront à déterminer si un organisme détecté est associé à un état pathologique, au moins En résumé, PERCH recueillera jusqu’à différents spécimens dans des cas de pneumonie estimés et jusqu’à différents spécimens dans les témoins. En outre, les spécimens seront stockés pour des tests futurs lorsque de nouveaux tests plus puissants seront disponibles. Des méthodes standardisées assureront la comparabilité entre les sites. fait de PERCH l’un des grands st études sur l’étiologie de la pneumonie entreprises jusqu’à présent

Remarques

Groupe de travail sur les méthodes pneumatiques

Robert E Black, Zulfiqar A Bhutta, Harry Campbell, Thomas Cherian, Derrick W Crook, Menno D de Jong, Scott F Dowell, Stephen M Graham, Keith P Klugman, Claudio F Lanata, Shabir A Madhi, Paul Martin, James P Nataro, Franco M Piazza, Shamim A Qazi et Heather J Zar

PERCH Core Team

Orin S Levine, Katherine O’Brien, Maria Deloria Knoll, Daniel R. Feikin, J Anthony G Scott, David R Murdoch, Amanda Driscoll, Andrea DeLuca, Ruth A Karron, Niranjan Bhat et Jane Crawley

Aide financière

Ce travail a été soutenu par une subvention de The Bill & amp; Fondation Melinda Gates au Centre international d’accès aux vaccins, Département de la santé internationale, École de santé publique Johns Hopkins Bloomberg

Supplément de parrainage

Cet article a été publié dans le cadre d’un supplément intitulé «Pneumonia Etiology Research for Child Health», parrainé par une subvention de The Bill & amp; Fondation Melinda Gates au projet PERCH de l’école de santé publique Johns Hopkins Bloomberg, Baltimore, Maryland

Conflits d’intérêts potentiels

Tous les auteurs: Aucun conflit rapporté Tous les auteurs ont soumis le formulaire ICMJE pour la divulgation des conflits d’intérêts potentiels Conflits que les éditeurs considèrent pertinents pour le contenu du manuscrit ont été divulgués

Sylvie

Les commentaires sont fermés.