Caractérisation du virus de l’immunodéficience humaine type VIH-diversité et tropisme chez les patients atteints d’infection primaire par le VIH

Caractérisation du virus de l’immunodéficience humaine type VIH-diversité et tropisme chez les patients atteints d’infection primaire par le VIH

Voir le commentaire éditorial de Loes, pages – Contexte Dans le contexte de la transmission sexuelle du virus de l’immunodéficience humaine de type VIH-, les découvertes actuelles suggèrent que la barrière muqueuse est le principal site de sélection virale, transformant l’inoculum complexe en un petit fondateur homogène. Nous avons analysé la transmission du VIH en fonction des caractéristiques virales et hôtes dans l’étude primaire de Zurich sur l’infection par le VIH. Méthodes Des séquences clonales d’enveloppe du VIH sur des clones / patients moyens ont été isolées des premiers échantillons plasmatiques disponibles au début de l’infection chez des patients primaires. Infection par le VIH Des analyses phylogénétiques et de tropisme ont été réalisées. Différentes variabilités virales ont été étudiées en association avec plusieurs paramètres influençant potentiellement la transmission du VIH, par exemple infections sexuellement transmissibles concomitantes IST et mode de transmissionRésultats Diversité virale médiane dans la région CVC d’env. La diversité virale ne correspond pas rapport avec la charge virale, mais il était légèrement corrélé avec la durée de l’infection Ni le mode de transmission, ni le sexe, ni les IST ne prédisaient la transmission de populations de virus fondateurs plus hétérogènes trouvées chez les patients%; Diversité% Seuls les patients% étaient assurément infectés par le VIH à tropisme CXCR- dans une population mélangée aux tropiques R / X, telle que révélée et confirmée à l’aide de plusieurs algorithmes de prédiction génotypiques et d’essais phénotypiquesConclusions Nos résultats suggèrent que la transmission de multiples variantes du VIH pourrait être un processus complexe qui ne dépend pas des facteurs muqueux seuls Les virus à tropisme CXCR peuvent être transmis sexuellement dans de rares cas, mais leur pertinence clinique reste à déterminer

La diversité génétique étendue du virus de l’immunodéficience humaine de type VIH est un énorme défi pour le développement de vaccins largement efficaces et aussi pour le traitement antirétroviral. Le goulot d’étranglement génétique lors de la transmission du VIH peut être un talon d’Achille du VIH. L’impact de la barrière muqueuse peut dépendre de l’anatomie, de la physiologie, des infections sexuellement transmissibles et des ITS, et de la pratique sexuelle Cependant, un goulot d’étranglement génétique a également été observé chez les personnes homozygotes. IVDU utilisateurs de drogues intraveineuses, indiquant des mécanismes indépendants de la muqueuse Pendant la transmission, il existe également une forte sélection pour les variants viraux utilisant CCR comme corécepteur Caractérisation en profondeur du VIH-tropisme dans des groupes plus importants de patients. infection Il est nécessaire d’avoir recours à un PHI pour revoir des travaux récents signalant des fréquences variables de souches à tropisme CXCR pendant un PHI S Ici, nous avons analysé la complexité des populations de virus dans la région CVC de l’enveloppe du VIH chez les primo-infections à VIH de Zurich aiguë et récemment infectées. Patients de l’étude ZPHI appartenant à différents groupes de transmission et infectés par divers sous-types viraux Nous avons étudié les caractéristiques virales et de l’hôte associées à une diversité virale élevée et au tropisme des corécepteurs

MATÉRIAUX ET MÉTHODES

Caractéristiques du patient

Les patients ont été inclus dans l’étude ZPHI http: // clinicaltrialsgov, ID = NCT PHI récent / aigu a été confirmé chez tous les patients selon les définitions précédemment publiées Nous avons estimé une date d’infection pour chaque patient en intégrant Au cours de la première visite, chaque patient a été examiné pour détecter les symptômes et signes physiques d’ITS concomitantes et de sérologie pour la syphilis. En présence de dysurie, d’ulcérations génitales, d’aine et / ou de douleurs rectales, frottis urinaires et / ou rectaux à une réaction d’amplification en chaîne par polymérase PCR pour Neisseria gonorrhoeae, Chlamydia trachomatis lorsqu’elle est positive, PCR spécifique pour l-sérovars associés à la lymphogranulomatose vénérienne et Herpes simplex

Séquençage

L’extraction de l’ARN, l’amplification, le clonage et le séquençage des fragments C-V-C du VIH-env ont été réalisés selon Rieder et al par modification des méthodes décrites précédemment

Prédiction génotypique de l’utilisation du corécepteur du VIH

Les séquences en boucle V ont été interprétées par trois différents outils de prédiction génotypique: Web-PSSM http: // indramullinsmicrobiolwashingtonedu / webpssm /, Wetcat http: // genomiacucsdedu: / wetcat / vhtml, et genophen [corécepteur] http: // coreceptorbioinfmpi- infmpgde / indexphp Nous avons utilisé genopheno [corécepteur] avec un taux de faux positifs de% L’analyse de Wetcat est basée sur la matrice de SVM du vecteur de support des matrices de notation spécifiques aux positions Les prédictions PSSM ont été effectuées par les matrices SINSI des sous-types B et C. -C sous-types et clade C, respectivement

Tests de phénotypage

Les lignées cellulaires MT-D Richman, Université de Californie, San Diego , GHOST Parental Cell Line, et GHOST Cell Transfectants GHOST CXCR et HiVN KewalRamani et DR Littman, New York, NY ont été obtenues auprès de Les phénotypes inducteurs du syncytium ont été déterminés dans des tests de culture de cellules MT Si disponibles, des isolats primaires, dérivés de cellules mononucléaires de plasma et de cellules mononucléaires du sang périphérique, En outre, les lignées cellulaires GHOST exprimant CCR ou CXCR et CD ou CD seul ont été utilisées pour déterminer l’utilisation des corécepteurs. Les cellules ont été infectées par des isolats viraux primaires de chaque patient à une multiplicité d’infection de l’expression de la protéine fluorescente verte sous le contrôle du VIH. long promoteur terminal de répétition a été détecté par microscopie à fluorescence

Analyses phylogénétiques

Les séquences ont été éditées avec SeqMan logiciel DNASTAR Inc, Madison, WI, aligné avec MAFFT- , corrigé manuellement, et testé pour les hypermutations par Hypermut wwwhivlanlgov Des analyses évolutionnaires moléculaires ont été menées en utilisant MEGA- voisins-jonction phylogénétique NJ arbres ont été construits par MEGA – ainsi que Seqboot, Dnadist et PHYLIP- « voisin et consense », distribué par J Felsenstein, Université de Washington, Seattle La souche de référence HIV-HXB GenBank accession no K et d’autres souches B et non B ont été utilisées comme Les séquences Pol ont été obtenues à partir de la base de données sur la résistance aux médicaments de la Swiss HIV Cohort Les distances par paire ont été calculées en utilisant MEGA- Les diversités nucléotidiques ont été obtenues en utilisant le modèle Tamura-Nei. les séquences rapportées ont été déposées dans GenBank sous les numéros d’accession GU à GU, GU à GU, et JF à JF

Analyses statistiques

Les analyses statistiques ont été effectuées en utilisant GraphPad Prism version GraphPad Software, San Diego, Californie et STATA SE StataCorp, College Station, TX Les tests non paramétriques ont été utilisés pour la comparaison de groupe Mann-Whitney U test La régression linéaire multiple a été utilisée pour analyser l’association de la et caractéristiques de base de l’hôte Les variables suivantes ont été prises en compte dans le modèle: âge, sexe, catégorie de transmission, IST, syndrome rétroviral aigu, SRA, charge virale, nombre de cellules CD, sous-type viral et date estimée d’infection.

RÉSULTATS

Caractéristiques du patient

Les modes de transmission selon les déclarations des patients comprenaient les% homosexuels, les% hétérosexuels, les% bisexuels, les% d’IVDU et d’autres%. Des IST concomitantes ont été diagnostiquées chez des patients% VIH – le sous-type B était le plus fréquent% suivi de CRF_AE%, C% et A% Le pourcentage restant de patients était infecté par les sous-types F, G, CRF_AG et CFR_BF du VIH.

Tableau Caractéristiques de base des patients infectés par le VIH primaire Nombre total de patients Femmes Infection aiguë Infection récente n% n% n% n% Nombre de patients Homme Femme VIH-sous-type Ba Mode de transmission Homosexuel Hétérosexuel Bisexuel IVDU Autreb STIsc VIH-pharmacorésistance transmised Syndrome rétroviral aigu Négatif ou indéterminé Western blot médiane min-max médiane min-max médiane min-max médiane min-max Durée estimée d’infection semaines – – – – Copies de charge virale de VIH-ARN / ml de plasma – – – – cellules de cellules T CD / μl sang – – – – Age ans – – – – Nombre total de patients Femmes Infection aiguë Infection récente n% n% n% n% Nombre de patients Homme Femme VIH-sous-type Ba Mode de transmission Homosexuel Hétérosexuel Bisexuel IVDU Autreb STIsc VIH- pharmacorésistance transmised Syndrome rétroviral aigu Négatif ou indéterminé Western Blot median min-max median min-max médiane min-max médiane min-max Durée estimée des semaines d’infection – – – – Nombre de copies de charge virale de VIH-ARN / ml de plasma – – – – cellules de cellules T CD / μl de sang – – – – Age ans – – – – Abréviations: UDI, utilisateurs de drogues intraveineuses; IST, infections sexuellement transmissibles; VIH-, virus de l’immunodéficience humaine de type aAutres sous-types: CRF_AE, C, A, F, G, CRF_AG, CRF_BFbOne aiguille aiguille; Vingt-cinq patients ont été diagnostiqués lors d’une infection aiguë par le VIH documentée Parmi ceux-ci, les patients% avaient un ARS et% avaient un score négatif. ou Western blot indéterminé WB Une infection récente a été diagnostiquée chez des patients Des échantillons sanguins de référence étaient disponibles dans un délai médian de plusieurs semaines – après l’EDI en phase aiguë et à portée – semaines chez les patients récemment infectés Fiebig staging était possible pour les patients: patients assignés au stade II, les patients au stade III, les patients au stade IV, les patients au stade V, les patients au stade V / VI et les patients au stade VI

Reconstruction phylogénétique

Les arbres NJ contenant des séquences C-V-C clonales provenant de% patients ont formé des groupes individuels avec des valeurs bootstrap de% groupes avec des valeurs bootstrap & lt;% ont été trouvés chez des patients, dont la plupart abritaient des séquences pol proches de la distance génétique médiane; intervalle – excepté pour les patients formant des amas Une contamination possible a été exclue en analysant un échantillon indépendant de chacun de ces patients. Les séquences de tous les patients n’ont montré aucun regroupement avec des clones de référence utilisés dans notre laboratoire.

Validité de la diversité virale à la base

Au total, clones clones médians / patient; La région CVC du gène env a été dérivée de l’ARN-VIH plasmatique de patients PHI après la semaine médiane de transmission. Les diversités virales initiales variaient de% à% médian. Pour obtenir des échantillons représentatifs de quasispecies, une PCR-transcription inverse a été effectuée. réalisée en double avec des extraits de VIH-ARN provenant de ml de plasma. La charge virale des échantillons de plasma variait de à des copies médianes / ml Malgré cette large distribution, les charges virales et les diversités nucléotidiques n’étaient pas corrélées. copies / ml; cependant, les diversités virales médian%; Les clones séquencés étaient représentatifs des populations de virus plasmatiques réelles in vivo, comme indiqué précédemment chez les patients infectés de façon chronique En outre, les séquences médianes d’amplification du génome unique [SGA] a été réalisée dans un sous-groupe de patients, et les diversités virales résultantes ont été bien corrélées avec la pente de séquençage clonal =, l’ordonnée à l’origine = -%, r =; données non montrées Les diversités virales ont légèrement augmenté avec le temps depuis que l’EDI EDI a été décrit dans les méthodes précédemment publiées Figure, soutenant la fiabilité du calcul EDI utilisé Comme montré sur la figure, des WB négatives ont été détectées jusqu’à des semaines et des semaines après l’EDI, démontrant la nécessité d’inclure des données cliniques dans le processus de mise en scène du diagnostic

Figure Vue largeDownload slideRelationship entre la charge virale plasmatique et la diversité virale pendant l’infection primaire par le virus de l’immunodéficience humaine La charge virale plasmatique du premier échantillon disponible et la diversité des séquences nucléotidiques virales correspondantes observées dans la région CVC des clones du gène de l’enveloppe par patient est montrée. cent quarante-cinq patients ont été analysés Chaque point représente le patient La relation entre la diversité virale et la charge virale est représentée par une régression linéaire P =; pente = – ±; Relation entre la charge virale plasmatique et la diversité virale au cours de l’infection primaire par le virus de l’immunodéficience humaine La charge virale plasmatique du premier échantillon disponible et la diversité des séquences nucléotidiques virales correspondantes observées dans la région CVC des in-clones du gène de l’enveloppe par patient est montré Cent quarante-cinq patients ont été analysés Chaque point représente le patient La relation entre la diversité virale et la charge virale est représentée par une régression linéaire P =; pente = – ±; r =

Figure Vue largeDownload slideRelation entre la diversité virale pendant l’infection par le VIH du virus de l’immunodéficience humaine primaire et la durée estimée de l’infection Pour chacun des patients, la durée entre la date estimée d’infection et le premier échantillon disponible et la diversité virale correspondante La durée de l’infection a été estimée en intégrant toutes les informations disponibles, y compris les antécédents du patient relatifs aux situations à risque connues, l’apparition des premiers symptômes, les résultats négatifs précédents, les tests d’avidité et Western Blot WB. légèrement avec des intervalles de temps plus longs entre l’infection et la pente de collecte des échantillons = ±; P =; r = Des WB négatifs ont été détectés jusqu’à des semaines et des WB positifs ont été détectés entre et des semaines d’EDI, respectivement Neg WB, WB négatif; indet WB, WB indéterminé; pos WB, WB positif; n / a, non disponibleFigure Voir grandDownload slideRelations entre la diversité virale pendant l’infection primaire par le VIH et la durée estimée de l’infection Pour chacun des patients, la durée entre la date estimée d’infection EDI et le premier échantillon disponible et la diversité virale correspondante observée La durée de l’infection a été estimée en intégrant toutes les informations disponibles, y compris l’historique du patient concernant les situations à risque connues, l’apparition des premiers symptômes, les résultats négatifs antérieurs, les tests d’avidité et Western Blot WB. Les diversités virales médianes ont légèrement augmenté avec des intervalles de temps plus longs entre l’infection et la pente de collecte des échantillons = ±; P =; r = Des WB négatifs ont été détectés jusqu’à des semaines et des WB positifs ont été détectés entre et des semaines d’EDI, respectivement Neg WB, WB négatif; indet WB, WB indéterminé; pos WB, WB positif; n / a, pas disponible

Diversité virale en relation avec les caractéristiques de l’hôte et du virus

Dans notre population étudiée, la diversité virale médiane peu après la transmission n’a pas varié entre les différentes catégories de transmission sexuelle. Figure A Vingt patientes, incluant des femmes, des hommes ayant des rapports sexuels avec des femmes et des hommes ayant des rapports sexuels avec des hommes. leur diversité virale médiane ne s’écartait pas de celles sans ITS concomitante P =; Figure B Ensuite, nous avons analysé plus en détail la relation entre la diversité et le mode de transmission chez les HSH selon la muqueuse rencontrée. Les pratiques sexuelles analysées étaient les rapports anaux insertifs, les rapports anaux réceptifs et les relations orales non sécurisées. exclu de cette analyse Aucune différence significative entre les modes de transmission distincts n’a été observée Figure C

Figure Vue largeDownload slideInfluence des caractéristiques de transmission sur la diversité virale au cours du virus de l’immunodéficience humaine primaire VIH-infection Diversités virales observées dans la région CVC du gène de l’enveloppe chez les patients infectés par le VIH primaire sont regroupées par sexe et catégorie de transmission chez un patient Selon la présence ou l’absence d’une infection transmissible sexuellement transmissible concomitante dans B, et dans la catégorie de transmission, les hommes ayant des rapports sexuels avec des hommes HSH selon la pratique sexuelle pendant l’acquisition du VIH en C. la dernière analyse, les patients HSH ayant un mode de transmission inconnu ou pratiquant plusieurs comportements sexuels ont été exclus de cette analyse. Les barres indiquent les médianes; MSF, des hommes ayant des rapports sexuels avec des femmes; sans IST, sans infections sexuellement transmissibles concomitantes; IST, avec infections sexuellement transmissibles; iai, rapports sexuels anaux insertifs; rai, rapports anaux réceptifs; Influence des caractéristiques de transmission sur la diversité virale au cours de l’infection par le virus de l’immunodéficience humaine primaire VIH Les diversités virales observées dans la région CVC du gène de l’enveloppe chez les patients infectés par le VIH primaire sont groupées selon le sexe et la transmission catégorie dans Un patient infecté par un rapport hétérosexuel ou un partage d’aiguilles n’est pas montré, selon la présence ou l’absence d’une infection transmissible sexuelle concomitante dans B, et dans la catégorie de transmission hommes ayant des rapports sexuels avec des hommes HSH selon la acquisition en C Dans la dernière analyse, les patients HSH ayant un mode de transmission inconnu ou pratiquant plusieurs comportements sexuels ont été exclus de cette analyse. Les barres indiquent les médianes; MSF, des hommes ayant des rapports sexuels avec des femmes; sans IST, sans infections sexuellement transmissibles concomitantes; IST, avec infections sexuellement transmissibles; iai, rapports sexuels anaux insertifs; rai, rapports anaux réceptifs; Nous avons également dérivé les sous-types viraux de séquences pol individuelles pour examiner leur effet possible sur la diversité. Figure Quatre patients avaient été infectés par le VIH-sous-type C Ils présentaient une diversité virale médiane de% range -%, significativement différente de celles observées En outre, aucune association entre la diversité virale et le tropisme viral n’a été trouvée pour le tropisme. En outre, la régression linéaire multiple teste l’association de la diversité virale avec l’EDI, l’âge, le nombre de cellules CD, la charge virale, le sous-type viral, Le mode ARS, STI et le mode de transmission n’ont montré aucune relation sauf pour la pente EDI = [% intervalle de confiance = -], P =, r =

Figure Vue largeToile de téléchargementInfluence des sous-types de VIH sur la diversité virale pendant l’infection par le VIH du virus de l’immunodéficience humaine primaire Les diversités virales observées dans la région CVC du gène de l’enveloppe chez les patients infectés par le VIH primaire sont groupées selon les sous-types. ; Influence des sous-types du VIH sur la diversité virale au cours de l’infection par le virus de l’immunodéficience humaine primaire de type VIH Les diversités virales observées dans la région CVC du gène de l’enveloppe chez les patients infectés par le VIH primaire sont groupées selon le VIH- sous-types Les barres indiquent les médianes; CRF, forme recombinante circulante

Caractéristiques des patients à haute diversité virale

Nous avons identifié les sujets% avec une diversité virale supérieure à% malgré une courte durée estimée des semaines médianes d’infection; Pour les caractéristiques détaillées des patients, voir Tableau Dans l’ensemble, les caractéristiques des patients ou de la transmission n’étaient pas surreprésentées dans le groupe de patients présentant une diversité virale supérieure à% Ces patients ont été infectés par le VIH-sous-type A de,%, B de,% et C de; %

Tableau Caractéristiques de base des patients présentant une diversité virale supérieure et inférieure au cours de l’infection primaire au VIH>% & lt;% Diversité virale après transmission n% n% Nombre de patients Homme Femme Sous-type VIH Sous-type A Sous-type B Sous-type C CRF _AE Mode de transmission Homosexuel Hétérosexuel STIsa Négatif ou indéterminé Western blot médiane min-max médiane min-max P valeur estimée de la durée de l’infection semaines – – b copies de charge virale de VIH-ARN / ml de plasma – – b cellules CD T cellules / μl de sang – – b – – b & gt;% & lt;% Diversité virale après transmission n% n% Nombre de patients Homme Femme Sous-type VIH Sous-type A Sous-type B Sous-type C CRF _AE Mode de transmission Homosexuel Hétérosexuel STIsa Négatif ou indéterminé Western Blot médiane min-max médiane min-max Valeur P Durée estimée de l’infection semaines – – b Copies de charge virale de VIH-ARN / ml plasma – – b Cellules T CD cellules / μl sang – – b Âge ans – – b Abréviations: VIH-, virus de l’immunodéficience humaine type; IST, infections sexuellement transmissibles, infections sexuellement transmissibles concomitantes: syphilis et / ou chlamydiose et / ou gonorrhéeMan-Whitney U testView LargeLes analyses polythylogénétiques de la région CVC chez les patients présentant des diversités virales & g%; ont montré différents schémas d’arbres Chez les patients tandis que chez les patients, les clones viraux ont été subdivisés en sous-groupes, chacun avec une diversité inférieure à% et des distances génétiques moyennes entre ces sous-groupes intrapatients de% range -% Chez les patients restants, un mélange de ces modèles décrits a été observé. de plus de %

Tropisme viral

En utilisant PSSM, SVMwetcat, et genopheno [corécepteur] pour prédire le tropisme viral dans les séquences CVC clonales, les virus X-tropic ou les populations mélangées R / X ont été prédites pour%,% et% des patients, respectivement. prédiction des variants viraux R tropiques Les trois outils bioinformatiques ont donné des prédictions contradictoires sur l’utilisation des corécepteurs chez% des patients. En% des patients, les trois outils prédisaient des souches X-tropiques, soit en population mixte dans les cas, soit en X pur. Les séquences env complètes obtenues par SGA ont montré la même composition de quasispecies et les mêmes profils de mutation que les séquences CVC clonales chez ces patients données non montrées. Ensuite, l’utilisation du corécepteur VIH a été déterminée par des tests phénotypiques utilisant des isolats primaires disponibles de patients dérivés de Tableau de plasma et de PBMC Dans la première étape, tous les isolats ont été criblés par le test des cellules MT et si le tropisme X a été détecté, cela a été confirmé par le GHOST dosage des cellules, permettant également la différenciation des mélanges de doubles utilisateurs de R / X, respectivement chez les patients présentant une prédiction concordante de X-tropisme génotypique et chez un patient présentant une prédiction CCR-tropisme concordante, un mélange de virus R / X-tropiques a été détecté. Isolat de PBMC mais pas dans l’isolat obtenu à partir du plasma

Tableau Prédiction génotypique du VIH-tropisme chez les patients infectés par le VIH primaire Tous les sous-types VIH B n% n% Nombre de patients X tropisme prédiction par: a Genopheno [corécepteur] b PSSMc SVMwetcat d’outils prédit X tropisme des outils prédire X tropisme de outils prédisent X tropisme R tropisme prédiction par les outils Tous B VIH-sous-types n% n% Nombre de patients X tropisme prédiction par: a Genopheno [corécepteur] b PSSMc SVMwetcat d’outils prédit X tropisme des outils prédire X tropisme des outils prédire X tropisme R Prédiction du tropisme par les outils aX ou populations mixtes R / Xbutut Prosperi et al Retrovirologie,: cUsing sinsi matrixView Large

Tableau Prédiction phénotypique du VIH-tropisme des isolats primaires de VIH obtenus à partir du plasma et des PBMC des patients infectés par le VIH primaire Génotype Phénotype Nombre de patients prédits par les algorithmes Nombre de patients analysés par MT-essai X R R / X X%% b R%% c inconsistant% Génotype Phénotype Nombre de patients prédits par les algorithmes Nombre de patients analysés par MT-test X R R / X X%% b R%% c incohérent% aPredicted par les outils bioinformatiques: Genopheno, PSSM, et SVMwetcatbDétecté en périphérique cellules mononucléées sanguines PBMC avec dosage des cellules MT et GHOSTDétecté dans les PBMC avec MT – mais pas avec les cellules GHOST assayView Large

DISCUSSION

Infection par le VIH Une autre explication potentielle est notre approche plutôt conservatrice, comparée à d’autres , pour rechercher des populations virales complexes en utilisant un seuil de diversité pour différencier les virus transmis homogènes des virus hétérogènes transmis. Contrairement aux études précédentes [, -], aucune complexité élevée Des infections transmissibles ont été observées chez les patients présentant une ITS concomitante pendant les IPS. Les ITS augmentent nettement le risque de transmission du VIH en augmentant l’infectiosité et la susceptibilité La diversité virale inférieure chez nos patients pourrait être due au moment de la transmission des ITS. Les IST déjà établies avant l’infection par le VIH peuvent être plus importantes pour rendre la barrière muqueuse plus vulnérable à l’infection par le VIH que celles transmises simultanément avec le VIH ou peu de temps après. proche des symptômes de l’ARS, suggérant que les ITS étaient cotransmises avec le VIH- En revanche, Haal et al ont rapporté que leurs patients séroconvertis zambiens et rwandais présentaient des symptômes et des signes d’IST qui étaient déjà présents lors de la dernière visite séronégative, suggérant que ces IST étaient présentes pendant des durées relativement plus longues, et par conséquent, la muqueuse peut avoir été plus grave au moment de l’infection par le VIH Une autre différence entre cohortes peut être la proportion de travailleuses du sexe incluses Dans ce groupe, la prévalence des IST et l’apparition de microtraumatismes muqueux sont plus élevées que chez les hommes ou les femmes en général [,,] Les travailleuses du sexe n’ont pas participé à notre étudeHIV-sous-type C peut être associé à une plus grande propension à la transmission que les autres sous-types M du VIH Dans notre étude, les patients infectés par le sous-type C Diversité virale par rapport aux patients infectés par le sous-type B du VIH P = La diversité virale de CRF_AE et d’autres formes recombinantes circulantes n’était pas significativement plus faible comparée avec le sous-type B du VIH, mais aucun de ces patients n’a été infecté par une population plus complexe.% Si la plus grande diversité observée dans nos cas de sous-type C du VIH dépend des propriétés virales spécifiques au sous-type du VIH ne peut pas être prouvée Les diversités similaires trouvées dans les sous-types B et C du VIH dans d’autres cohortes de PHI remettent en question la pertinence biologique de nos résultats. Cependant, il faut noter que les comparaisons entre ces sous-types de VIH étaient basées sur différents contextes d’étude dans différents pays et différents centres. Ainsi, seules les études sur des cohortes plus importantes de patients recrutés dans des conditions similaires apporteront une réponse à cette question. En combinant différents algorithmes de prédiction génotypique, nous avons trouvé que les patients PHI hébergeaient probablement des virus à tropisme CXCR lors d’une infection aiguë au VIH. de ces patients, les souches X-tropiques pourraient être confirmées phénotypiquement. En outre, chez les patients présentant une prédiction cohérente des corécepteurs R, les souches X-tropiques pourraient être isolées. Ainsi, dans notre étude, la transmission de variantes X pertinentes pour la réplication semblait être un événement rare. Ces résultats sont en accord avec Raymond et al qui ont rapporté% de virus plasmatiques comme X-tropique et R / En revanche, une étude récente utilisant le séquençage ultra-profond et la prédiction génotypique a rapporté des variants X-tropiques chez ~% d’un petit nombre de patients présentant une infection aiguë par le VIH Discrepant À l’heure actuelle, la pertinence clinique des variantes de la minorité X-tropicale transmises n’est pas connue, car les seuils de fréquence des variants de la minorité X-tropique permettent de prédire les résultats. la réponse au maraviroc pendant les PHI n’est pas disponible De plus, le problème avec la prédiction génotypique est qu’il ne peut pas prédire la compétence de réplication de ces espèces minoritaires D’autre part, ph Les dosages énotypiques utilisant des isolats viraux primaires surmontent cette limitation mais peuvent manquer de sensibilité en raison du processus de sélection initial lors de leur propagation en cultures cellulaires. Les tests phénotypiques recombinants utilisant une enveloppe de VIH amplifiée par PCR peuvent présenter un profil de sensibilité amélioré. En dépit d’une quantité considérable de travaux antérieurs, la fréquence des virus transmissibles par le CXCR cliniquement pertinents n’est pas encore connue, mais dans notre étude, la transmission de ces virus a été amplifiée et non répliquée. En résumé, nos résultats suggèrent que la transmission de populations complexes de virus peut ne pas dépendre uniquement de facteurs muqueux. En outre, la transmission de souches de virus utilisant CXCR cliniquement pertinentes semble rester un événement rare, et la prudence s’impose lors de la prédiction du corécepteur. utilisation par les algorithmes génotypiques seuls, car la concordance de ces outils est toujours imité

Remarques

Remerciements

Nous sommes reconnaissants à tous les patients qui ont participé à l’étude ZPHI; Barbara Hasse, Urs Karrer, Rolf Oberholzer, Elisabeth Presterl, Reto Laffer, Klara Thierfelder, Yvonne Flammer, Markus Flepp et Thomas Frey pour leur soin patient dédié; Friederike Burgener et Dominique Klimpel pour leur excellente assistance en laboratoire; Christine Vögtli et Ingrid Nievergelt pour le soutien administratif; et Alexander Thielen Institut Max Planck pour l’informatique, Saarbrücken, Allemagne pour l’aide dans l’analyse de toutes nos séquences env en parallèle en utilisant genopheno [coreceptor] Nous remercions également les services informatiques de l’Université de Zürich pour nous donner accès à l’ordinateur haute performance Schrödinger En outre, nous remercions et commémorons notre cher ami et collègue de recherche, Marek Fischer, pour toutes ses contributions et son aide au cours de nombreuses années. Très malheureusement, il est décédé en décembre une longue maladie

Aide financière

Ce travail a été soutenu par le Fonds national suisse de la recherche [numéro de subvention -] à HFG; le septième programme-cadre de la Communauté européenne [numéro de subvention FP / -], dans le cadre du réseau collaboratif de lutte contre le VIH et la pharmacorésistance anti-VIH CHAIN ​​[numéro de subvention]; une subvention de recherche de l’Union Bank of Switzerland, au nom d’un donateur à HFG; et une subvention de recherche sans restriction de Tibotec, Suisse à HFG, de ViiV Healthcare, Suisse à HFG et de la Vontobel Stiftung à HFG et KJM

Conflits d’intérêts potentiels

H F G a été conseiller et / ou consultant pour GlaxoSmithKline, Abbott, Novartis, Boehringer Ingelheim, Gilead Sciences, Roche, Merck Sharp & amp; Dohme, Tibotec et Bristol-Myers Squibb En outre, H F G a reçu des subventions de recherche et d’éducation sans restriction de Roche, Abbott, Bristol-Myers Squibb, Gilead Sciences, GlaxoSmithKline, ViiV Healthcare, Tibotec et Merck Sharp & amp; Dohme ainsi que des subventions de voyage de Roche, Abbott, Bristol-Myers Squibb, Sciences Gilead, GlaxoSmithKline, ViiV Healthcare, Tibotec, et Merck Sharp & amp; Dohme tout l’argent est allé à l’institution KJM a reçu des bourses de voyage et des honoraires de Gilead, Roche Diagnostics, GlaxoSmithKline, Bristol-Myers Squibb, Tibotec et Abbott, et il a reçu une bourse de recherche de Gilead PR a reçu des bourses de voyage de Gilead Sciences RW a reçu des subventions de voyage d’Abbott, de Boehringer Ingelheim, de Bristol-Myers Squibb, de Gilead Sciences, de GlaxoSmithKline, de Merck Sharp & amp; Dohme, Pfizer, Roche, TRB Chemedica, et Tibotec B J, AUS, HK, D B, C G, B N, C L, J B, et S G n’ont pas de conflits d’intérêts

Contributions d’auteur

Concept d’étude, conception, supervision: GünthardAcquisition de données de laboratoire: Rieder, Joos, Böni, Leemann, Niederöst, Kuster et MetznerAcquisition de données cliniques: Grube, Braun, Scherrer, Rieder et GünthardGestion de la base de données: Scherrer, Braun, Gianella et GünthardAnalysis et manuscrit: Rieder, Joos, Scherrer, Metzner et Günthard

Sylvie

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